Com el seu predecessor, Bonifaci VI, va ser escollit Papa amb l'ajut del rei d'Itàlia i l'emperador del Sacre Imperi, Lambert de Spolet, que després de ser expulsat de Roma per Arnulf de Caríntia, va poder reconquerir la ciutat després de marxar-ne Arnulf per culpa del seu estat de salut i per problemes interns que sorgiren en el seu propi regne.
Al moment en què fou escollit Papa exercia de bisbe a la diòcesi d'Agnani (designat pel Papa Formós I). Després de la seva elecció va ordenar exhumar el cadàver d'aquest per sotmetre'l a judici en un concili reunit per aquesta finalitat i que va passar a la història com el "Concili Cadavèric" o "Sínode del terror".
El Papa Formós i Esteve VI, de Jean-Paul Laurens (1980)
En aquest concili, celebrat sota la presidència d'Esteve VI en la Basílica Constantiniana es va procedir a revestir el cadàver de Formós dels ornaments papals i se'l va asseure en un tron perquè escoltés les acusacions. La principal va ser que essent bisbe de la diòcesi de Porto, l'havia deixada per ocupar com a papa la diòcesi de Roma.
Formós I va ser declarat culpable i es va considerar invàlida la seva elecció com a Papa. Per tant, es van anul·lar tots els actes i les ordenances del seu papat. A continuació, es va despullar el cadàver, se li van arrencar de la mà els tres dits amb què impartia les benediccions i va ser llençat al riu Tiber després d'haver-lo cremat. Les restes de Formós no es van recuperar fins al pontificat de Teodor II, que les va restituir a la Basílica de Sant Pere.
El poble romà, en conèixer aquests fets, va prendre Esteve VI al Palau de Laterà. Va ser estrangulat a la presó el 14 d'agost de 897.
