A la mort de Nicolau II, la noblesa romana i els bisbes llombards es dirigeixen a l'emperador apliqui el seu privilegi de designar un nou papa. El cardenal Hildebrand, però, futur papa Gregori VII, sense tenir en compte el dret imperial i basant-se en els drets que s'havien aprovat el 1059 al sínode de Melfi sobre l'elecció papal, s'avança i fa elegir papa el bisbe de Lucca, Anselmo di Baggio, que pren el nom d'Alexandre III.[1]
Els consellers d'Enric IV, aleshores d'onze anys, consideren que, segons la Constitutio Lotharii i al Privilegium Othonis, era l'emperador que tenia dret d'aprovar –o no– tota elecció papal. En reacció Enric IV nomena el bisbe de Parma, Pietro Cadalus, com a antipapa que pren el nom d'Honori II.
Continua com els seus predecessors, lluitant contra la simonia i el nicolaisme, així com l'enfrontament amb l'emperador del Sacre Imperi, Enric IV, a qui va obligar a mantenir el seu matrimoni amb Berta de Savoia.; i en el que es pot considerar un precedent de la lluita de les investidures, va excomunicar els consellers de l'emperador al considerar-los instigadors de la consagració com a arquebisbe de Milà del candidat imperial.
El 1063, va transformar la reconquesta hispànica en guerra santa en concedir indulgència plena als soldats que participessin en la Croada de Barbastre.[6]
