Fou escollit Papa immediatament després de la mort del seu antecessor Lleó IV, però no el consagraren fins al 29 de setembre del 855 a causa del fet que l'emperador Lotari I feia costat a l'elecció del cardenal Anastasi,[1] que comptava amb el suport de la noblesa.
Benet fou fet presoner i Anastasi, que ha passat a la història com a antipapa, va ocupar el tron pontifici fins que la pressió popular el va fer abandonar.[2] El cisma finí amb l'excomunió d'Anastasi.
Va defensar els drets com a bisbe davant dels senyors feudals i va afavorir les missions a les illes britàniques.[1] Va tenir com hostes a Alfred el Gran, de només 4 anys, i el seu pare Ethelwulf de Wessex.
Segons una llegenda, el successor de Lleó IV no va ser Benet III sinó una dona que va ocupar el tron papal sota el nom de Joan VIII, però coneguda com a papessa Joana, i que va morir després de dos anys de pontificat en parir un fill.
