Va col·laborar amb Cassiodor en la fundació a Roma d'una biblioteca eclesiàstica d'autors grecs i llatins i el va ajudar amb el projecte del monestir i scriptorium de Vivàrium, on es treballava en la traducció dels filòsofs grecs al llatí.[3]
Es va dedicar a revisar el llibre d'anatemes del Papa Bonifaci II contra el seu rival Diòscor acusat falsament de simonia.[4] Els catòlics de Constantinoble li van demanar ajut quan el monofisita Àntim I de Constantinoble fou nomenat bisbe per Teodora. Davant del perill d'invasió d'Itàlia per Justinià I va fer que el reiOstrogotTeòdat l'enviés a Constantinoble per veure de convèncer l'emperador de canviar d'objectiu. No ho va aconseguir, però sí que Àntim fou deposat com a bisbe i elegit al seu lloc Menes, que Agapit mateix va consagrar.[5]
Se'n conserven dues cartes a Justinià, en les que refusa reconèixer als arrians i dos més dirigides als bisbes d'Àfrica sobre el mateix tema, i finalment una al bisbe Reparatus de Cartago, en contestació de la carta que aquest li havia enviat com a felicitació per la seva elecció a la santa seu.
