Wilayah Lubang Buaya pada awalnya merupakan bagian dari Gereja Santo Robertus Bellarminus, Cililitan. Pada Agustus 1981, Dewan Paroki Cililitan membeli tanah di kawasan Pondok Gede yang akan digunakan untuk membangun sekolah. Pada Oktober 1986, Panitia Sementara Pembangunan Gereja Pondok Gede mulai dibentuk. Setelah itu, Perayaan Ekaristi mulai diselenggarakan di Aula Kologad dan di Kapel Santa Catharina. Komunitas umat ini kemudian dinamai "Kalvari" oleh Pastor Kepala Paroki Cililitan, R.P. Justinus Muji Santara, S.J. Peribadatan kemudian mulai diselenggarakan di persekolahan Santo Markus II.[1] Pada 25 Maret 1991, Keuskupan Agung Jakarta sempat melakukan pembatalan rencana pendirian Paroki Kalvari.[2]
Pembangunan gedung gereja awal ditandai dengan peletakan batu pertama pada 7 Februari 1993 oleh R.P. Franciscus Xaverius Arko Sudiono, S.J. Gedung gereja ini disebut sebagai bedeng. Bedeng ini diberkati oleh Uskup Agung Jakarta, Leo Soekoto, S.J. pada 4 April 1993. Pada Maret 1995, para imam Oblat Maria Imakulata (OMI) mulai bertugas di gereja ini sebagai bagian dari rencana pemekaran gereja ini menjadi paroki. Sejumlah imam OMI yang bertugas di gereja ini, antara lain R.P. Petrus McLaughlin, O.M.I. dan juga R.P. Peter Kurniawan Subagyo, O.M.I. Paroki Kalvari berdiri pada 1 Juli 1995.[3] Pada tahun 2006, para imam diosesan Keuskupan Agung Jakarta mulai bertugas di gereja ini. Selama menggunakan bedeng, beberapa kali gereja terendam banjir akibat luapan Kali Sunter.
Pembangunan gedung
Gereja Kalvari mendapatkan izin mendirikan bangunan (IMB) pada 21 Desember 2021, dalam sebuah seremoni yang dihadiri oleh Gubernur DKI Jakarta, Anies Baswedan dan Uskup Agung Jakarta, Ignatius Suharyo.[4] Dalam seremoni tersebut juga dilakukan peletakan batu pertama. Satu hari sebelumnya, izin mendirikan bangunan juga diberikan kepada Gereja Damai Kristus, Kampung Duri.[5] Proses pengajuan IMB mengalami permasalahan karena Koefisien Dasar Bangunan (KDB) tidak lagi cukup untuk dapat membangun gereja, karena adanya bangunan sekolah yang sudah lebih dulu dibangun.[6] Melalui sejumlah usaha, KDB dapat ditingkatkan menjadi 40 persen, sehingga izin kemudian diurus kembali.[6]
Pada 25 Maret 2024, penutupan atap bangunan (topping off) bangunan gereja yang baru dilakukan. Pada 19 Mei 2024 yang merupakan Hari Raya Pentakosta, berlangsung misa terakhir di gedung bedeng. Perayaan Ekaristi selanjutnya akan berlangsung di basement gedung gereja yang baru. Gedung gereja yang baru direncanakan membawa konsep ramah lingkungan.
Pada 14 September 2024 yang merupakan Pesta Salib Suci, gereja ini diberkati oleh Uskup Agung Suharyo. Hal ini menjadi jawaban bagi umat yang telah menunggu selama 33 tahun terakhir.[7] Pemberkatan diawali dengan marching band dan pertunjukkan kesenian Betawi, palang pintu.[6] Selain itu, juga ditampilkan kesenian ondel-ondel.[8] Sebelum pintu utama gereja dibuka, diadakan serah terima kunci Gereja dan pemberkatan patung Ecce Homo.[9][10] Peresmian ini juga dihadiri oleh Walikota Jakarta Timur, M. Anwar.[11]