Benediktus IX (Roma, ±1012 – 1055, 1065, atau 1085), lahir dengan nama Theophylactus, adalah Paus sejak 1032 hingga 1044, menjabat lagi pada 1045, dan akhirnya dari 1047 hingga 1048, satu-satunya yang menjabat sebagai Paus dalam tiga periode yang terputus-putus. Dia juga merupakan Paus termuda. Theophylactus adalah putra dari Alberic III, CountTusculum, sekaligus keponakan dari Paus Benediktus VIII (1012-1024) dan Paus Yohanes XIX (1024-1032). Ayahnya mendapatkan kursi Kepausan baginya dan menyerahkan pada putranya ini pada Oktober 1032.
Menurut Ensiklopedia Katolik[1] dan sumber-sumber lainnya, Benediktus IX berusia sekitar 18-20 tahun ketika naik sebagai Paus, walaupun beberapa sumber lainnya mengklaim 11 atau 12 tahun. Sepenuhnya tidak cocok menjabat sebagai paus, tampaknya ia hidup dalam kondisi penuh kegalauan; meskipun dalam hal teologi dan aktivitas kegerejaan biasa ia sepenuhnya ortodoks. Santo Petrus Damianus menggambarkan ia sebagai "bersuka ria atas ketunasusilaan" dan "setan dari neraka dalam bentuk imam" dalam Liber Gomorrhianus, sebuah risalat tentang skandal korupsi dan seks Paus yang menuduh Benediktus IX akan kebiasaan homoseksualitas dan kebinatangannya.
Benediktus IX segera dipaksa keluar dari Roma pada tahun 1036, dan memerlukan dukungan Kaisar Konrad II (1024-1039) untuk dapat kembali.
Pada September 1044 ia kembali dipaksa keluar dari kota itu dan digantikan oleh Paus Silvester III (1045), yang kadang-kadang dianggap sebagai seorang Antipaus, walaupun secara umum abdikasi/penuruntahtaan Benediktus (yang digantikan sejumlah uang) dianggap sah.
Benediktus IX kemudian memaksa kembali pada April 1045 dan memaksa keluar rivalnya. Terjadi perdebatan mengenai apakah Silvester secara sah menyetujui abdikasinya secara diam-diam. Dan dengan demikian tidak jelas siapakah Paus yang sah selama masa tersebut hingga masa Paus Clemens II (di mana Silvester secara nyata menerima penuruntahtaannya). Namun, masa kepausan kedua Benediktus juga sering kali dianggap sebagai sah.
Benediktus IX kemudian mengundurkan diri pada Mei 1045, kemungkinan besar karena akan melangsungkan pernikahan. Ia menjual kantornya kepada seorang imam John Gratian, wali baptisnya (kemungkinan senilai lebih dari 650 kg emas). Gratian kemudian menjadi Paus Gregorius VI (1045-1046) pada Mei 1045. Sekalipun demikian jika Silvester belum pernah secara resmi mengundurkan diri maka baik Benediktus maupun Gregorius sesungguhnya bukanlah Paus yang sah selama periode tersebut. Benediktus IX kemudian tampaknya menyesali penjualan itu dan kembali untuk mencoba memberhentikan Gregorius VI. Silvester III juga kembali muncul untuk mengklaim kembali haknya atas tahta tersebut.
Benediktus IX berhasil merebut kembali Roma dan bertahta kembali hingga Juli 1046 sekalipun Gregorius VI berlanjut diakui sebagai Paus yang sah. Kaisar Romawi Henry III (1039-1056) melakukan intervensi dan dalam Konsili Sutri pada Desember 1046, Benediktus IX dan Silvester III dicabut dari kantor mereka dan Gregorius VI dianjurkan untuk mengundurkan diri yang mana diikutinya. Silvester menerima pencabutan ini sementara Benediktus IX tidak menghadiri konsili tersebut. Uskup Jerman Suidger diangkat sebagai Paus Clemens II (1046-1047), yang mana ditolak oleh Benediktus IX meskipun perebutan tahtanya terhadap Gregorius VI juga tidak terbantahkan.
Setelah Clemens II meninggal pada Oktober 1047, Paus Benediktus IX merampas Istana Lateran pada November 1047 namun diusir keluar pada Juli 1048. Selama periode ini ia secara umum diakui sebagai Paus dalam periode ketiga kepausannya.
Pada tahun 1048, Poppo dari Brixen akhirnya secara permanen berhasil memaksanya keluar dan terpilih sebagai Paus Damasus II. Benediktus IX menolak muncul untuk menerima tuduhan dalam simoni pada 1049 dan akhirnya diekskomunikasikan. Benediktus IX secara universal dianggap menyetujui abdikasinya dari masa jabatannya yang ketiga, dan Damasus II secara universal diakui sebagai Paus yang sah.
Akhir hidup Benediktus IX tidak dapat diketahui secara jelas. Ia mungkin akhirnya menyerah dan mengundurkan diri dari kepausan, meninggal sekitar 1065 di Biara Grottaferrata. Sumber-sumber lain menyatakan bahwa ia meninggal pada tahun 1085. Paus Leo IX (1049-1054) kemungkinan telah mencabut larangan bagi dia. Laporan lain menyatakan bahwa kemungkinan ia tetap melanjutkan mencari dukungan untuk kembali ke kepausan tetapi meninggal pada Januari 1055 atau 1056.
