חוואתמה הגה את תוכנית השלבים של אש"ף והתנגד למשא ומתן מדיני עם ישראל, אף שתמיד חיפש קשר לגופי שמאל ישראליים, נפגש עם אנשי מצפן וניסה להיפגש עם לובה אליאב, מזכ"ל מפלגת העבודה. כראש ארגון מרקסיסטי, חוואתמה ראה בהקמת מדינה פלסטינית את הצעד הראשון לתנועה שתפיל את "המשטרים הערביים המושחתים".
כבר מ-1973 קרא חאוותמה לשתי מדינות לשני עמים[1], גם כיום הוא תומך בהקמת מדינה פלסטינית לצד מדינת ישראל וקורא להפסקת האלימות נגד האזרחים הישראלים והפלסטינים. בשנת 1999, בעת לוויית המלך חוסיין, לחץ את ידו של הנשיא עזר ויצמן וקרא לו "איש של שלום". כמרקסיסט, הוא מתנגד לארגונים דתיים כמו החמאס.
בשנת 2004 השתתף חוואתמה בפעילות פלסטינית-ישראלית שניסתה לקדם את פתרון שתי מדינות לשני עמים. במסגרת פעילות זו הוא שוב קרא להפסקת פעולות האיבה במהלך האינתיפאדה השנייה.
ביולי 2007 ביקש לבקר ברמאללה לרגל כינוס המועצה המרכזית הפלסטינית[2]. כניסתו אושרה יחד עם כניסתם של פארוק קדומי ובכירי אש"ף נוספים. חוואתמה החליט לבסוף שלא לבקר ברמאללה בשל מה שהגדיר "התנאים הישראליים לביקורו".
במאי 2013 העניק אבו מאזן, יו"ר הרשות הפלסטינית, לנאיף חוואתמה את עיטור "כוכב הכבוד": "מתוך הערכה לתפקידו הלאומי החשוב בשירות הסוגיה הפלסטינית והעם הפלסטיני, ומתוך הערכה למאמציו להניף את הדגל של פלסטין מאז פרוץ המהפכה הפלסטינית ודרך שלבי המאבק המתמשך"[3].