אגמים גדולים נקראים לפעמים "ים", וימים קטנים נקראים לפעמים "אגם". למשל, ים כנרת וים המלח הם למעשה אגמים. האגם הגדול בעולם הוא מלוח – הים הכספי. האגם העמוק ביותר הוא ימת באיקל בסיביר. המונח אגם משמש גם לתיאור אתרים יבשים בדרך כלל המתמלאים מים רק לאחר גשמים כבדים, כמו למשל אגם אייר באוסטרליה.
אגמים וולקניים – נוצרו עקב פעילות געשית: בלועות הר געש (Okama ביפן, ברכת רם ברמת הגולן), או כתוצאה מחסימת נחלים על ידי זרמי לבה ומהתפוררות ושבירה של מגמה מתקררת (אגם החולה).
אגמים שנוצרו עקב גלישת קרקע – גלישת הקרקע חוסמת לעיתים נחלים, במעלה הסכר מתאספים המים ונקווה אגם.
אגמים קרחוניים (גליצאליים) – נוצרו עקב גלישת קרחונים. כאשר הקרחון גולש הוא חורץ במשקלו את הקרקע וסוחף עמו אדמה רבה. המסת הקרחון וקפיאתו מחדש מביאה להתפוררות הקרקע ולהיווצרות מגרעות שבהן נקווים מים. הימות הגדולות בארצות הברית וכן מרבית האגמים בעולם נוצרו בדרך זו.
אגמי המסה – שנוצרו עקב תהליכי המסה כימית של סלעים או מינרלים הגורמות להיווצרות מגרעות שבהן נקווים מים. אגמים כאלו מצויים בעיקר באזור של מסלע גיר ונופי קרסט. אזור הלג'ה הגדולה בסוריה ובאזור מבצר נמרוד ברמת הגולן.
אגמים שנוצרו עקב פעילות נחלים – דמויי פרסה או טבעת. כתוצאה מהשתנות ערוצי נחלים והתנתקותם מהערוץ המרכזי. נפוץ באגמים בסמוך לשפך הנחל לים.
אגמים שנוצרו עקב פעילות הרוח – בעיקר באזורי דיונות, עקב שחיקת הדיונה והסעת החול מעל שכבה אטימה נוצר מקום נמוך שאליו נאספים מים.
אגמים אורגניים (בוג) – אגמים קטנים שנוצרים על קרקעית כבול המתאפיינת בתכולה גבוהה מאוד של חומר אורגני. תהליכי היצירה אינם ברורים לחלוטין. מאופיין על ידי צמחים אקזוטיים אוכלי חרקים, המים בדרך כלל צלולים ומעט חומציים.
ישנן ראיות המצביעות על קיומם של אגמים גם מחוץ לכדור הארץ.
תצלומים מסוימים שצולמו על ידי חללית המחקר גלילאו מצביעים על מה שנראה כאגמי גופרית על פניו של איו, אחד מירחיו של כוכב הלכתצדק, שנוצרו כתוצאה מפעילות וולקנית, וממצאים שנתגלו על ידי חללית המחקר קאסיני-הויגנס מצביעים ככל הנראה על קיומם של אגמים של מתאן או אתאן על טיטאן, אחד מירחיו של שבתאי.
ישנן גם ראיות המצביעות על כך כי ייתכן שבעבר היו אגמים גם על מאדים, על אף שבעידן הנוכחי תנאי הלחץ והטמפרטורה על כוכב-הלכת אינם מאפשרים קיומם של אגמים.
על פני הירח ישנם אזורים המכונים בשם "אגמים" (בלטינית lacus) על אף שמדובר למעשה במישורים גדולים של בזלת, ולא באגמים של ממש. השם "אגם" השתמר מכיוון שאסטרונומים קדומים שיערו בטעות כי אזורים אלו הם אגמים. מסיבה דומה מישורי בזלת גדולים יותר על־פני הירח מכונים "ימים".
