Di jalan tol ini, terdapat rawa-rawa dan sebagian jalan tol lebih rendah daripada permukaan laut. Oleh karena itu, sering kali jalan tol terendam air hampir setiap musim hujan. Untuk menanggulangi masalah ini, PT Jasa Marga (Persero) membuat proyek jalan lebih tinggi (semi-layang), lajur darurat, dan tanggul untuk mengantisipasi jika terjadi banjir. Proyek ini dimulai pada awal 2008/akhir 2007 dan selesai pada 2010, bersamaan dengan proyek Jalan Tol Lingkar Luar Jakarta. Jalan semi-layang ini dimulai pada titik KM 20+600 (Arah Bandra Internasional Soekarno-Hatta dari Jakarta) dan KM 28+200 (Arah Jakarta dari Bandara Internasional Soekarno-Hatta), dan koneksi Jalan Tol Lingkar Luar Jakarta berada di KM 25+200 sampai KM 25+800 (Arah Bandara Internasional Soekarno Hatta) di Kamal Muara, Kecamatan Penjaringan. Pada tahun 2018 di KM 32, dimulainya pembangunan koneksi Jalan Tol Lingkar Luar 2 dan beroprasi pada tahun 2022. Jalan tol ini kini dilengkapi dengan lampu penerangan jalan bertenaga surya untuk menghemat energi dan menghemat penggunaan listrik dari PT PLN.
Fasilitas
Gerbang tol Cengkareng
Di jalan tol ini terdapat beberapa fasilitas diantaranya:
Gerbang utama Jalan Tol Prof Dr. Sedyatmo (Hanya pembayaran tujuan Bandara Internasional Soekarno-Hatta): 1. Ke Arah Barat: Jalan Husein Sastranegara 2. Ke Arah Timur: Kamal Kapuk Jalan Tol Lingkar Dalam Jakarta
