4 Januari – Tanah longsor di dusun Cijeruk, Banjarnegara, Jawa Tengah menyebabkan tewasnya 76 orang. Bencana ini diakibatkan hujan yang turun deras dan penggundulan hutan yang tak teratur.
16 Januari – Sekitar 12.000 buruh yang berasal dari 10 kabupaten dan kota di Jawa Timur, mengepung Kantor Gubernur Jawa Timur. Mereka menuntut gubernur segera merevisi upah minimum kabupaten/kota tahun 2006.
17 Januari – David Nusa Wijaya, terpidana kasus BLBI Bank Servitia yang menjadi buronan, ditangkap di AS dan dikembalikan ke Indonesia.
Aparat keamanan Indonesia menembak mati seorang pelajar di Papua dan mencederai dua orang lainnya sementara laporan lainnya menyebut bahwa korban jiwa berjumlah empat orang. Peristiwa ini diduga terkait dengan pengungsian 43 warga Papua ke Australia dua hari sebelumnya.
Timor Timur menyampaikan laporan pembantaian warganya oleh Indonesia dari 1975-1999 kepada PBB. Menurut laporan tersebut, lebih dari 100.000 orang meninggal dunia akibat kelaparan yang disengajai.
27 Januari – Hujan deras sejak 26 Januari menyebabkan banjir dan tanah longsor melanda beberapa kota di jalur Pantura pulau Jawa. Jalur transportasi terputus akibat rusaknya beberapa jembatan. Seluruh penerbangan menuju Semarang dialihkan dan dibatalkan.
31 Januari – KM Citra Mandala Bahari tenggelam di Selat Rote, sedikitnya 50 hilang dan 110 orang berhasil diselamatkan.
Said Agil, mantan Menteri Agama Indonesia, divonis 5 tahun penjara dalam kasus korupsi Dana Abadi Umat.
Para peneliti mengumumkan penemuan puluhan spesies satwa dan tumbuhan baru di sekitar Pegunungan Foja, Papua.
11 Februari – Adam Air dengan nomor penerbangan 728 mendarat darurat di Bandara Tambolaka, Nusa Tenggara Timur setelah mengalami kerusakan total sistem navigasi dan komunikasi selama tiga jam.
13–15 Februari – Tujuh anggota Bali Nine divonis hukuman seumur hidup dan dua dijatuhi hukuman mati. Setelah melalui banding dan kasasi akhirnya tujuh dijatuhi hukuman mati dan dua seumur hidup
17 Februari – Gerakan nasional toilet umum bersih dicanangkan Departemen Kebudayaan dan Pariwisata, dimulai dari Bandara Soekarno-Hatta Jakarta, Bandara Juanda Surabaya, dan Bandara Ngurah Rai Denpasar.
20 Februari – Pengadilan Negeri Jakarta Selatan membebaskan terdakwa ECW Neloe, I Wayan Pugeg, dan M. Sholeh Tasripan dari tuntutan 20 tahun penjara terkait kasus korupsi Bank Mandiri yang merugikan negara Rp160 miliar.
Banjir dan tanah longsor kembali melanda Kota Manado setelah sebelumnya telah terjadi pada tanggal 13 dab 19 Februari. Bencana tersebut telah menelan korban sedikitnya 31 orang.
Terjadi bentrokan dan penembakan saat aparat TNI, Polisi, dan satpam PT Freeport Indonesia mengusir warga setempat yang melakukan pendulangan emas di kali Kabur Wanamon. Warga kemudian menduduki jalan masuk Freeport di Tembagapura, Papua.
22 Februari – Mantan Kepala Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) Syafruddin Temenggung ditetapkan Jaksa Penyidik di Kejaksaan Tinggi DKI untuk ditahan.
23 Februari – Pengadilan Negeri Jakarta Selatan kembali membebaskan terdakwa kasus dugaan korupsi, yaitu pimpinan PT Cipta Graha Nusantara selaku debitor Bank Mandiri: Edyson (direktur utama), Saiful Anwar (komisaris utama), dan Diman Ponijan (direktur keuangan).
24 Februari – Pemerintah DKI Jakarta memulai inspeksi dan pemusnahan unggas yang terindikasi terjangkit flu burung.
Dalam Pekan Imunisasi Nasional (PIN) putaran IV, balita di 33 provinsi Indonesia divaksinasi cuma-cuma guna memberikan kekebalan terhadap virus polio liar.
Arkeolog menemukan apa yang diyakini sebagai sisa-sisa peradaban yang hilang tersapu letusan gunung Tambora pada 10 April 1815. Penjelajah Belanda dan Inggris yang mengunjungi tempat itu pada awal 1800-an terkejut mendengar penduduk di sana menggunakan bahasa yang sangat berbeda dibandingkan dengan bahasa-bahasa lain di Nusantara.
Maret
3 Maret – Atap kereta api penumpang nomor KA 907 jurusan Rangkasbitung, Banten menuju Jakarta runtuh saat memasuki Stasiun Kebayoran Lama. Puluhan penumpang terluka.
7 Maret – Catatan tahunan Komisi Nasional Perempuan menunjukkan terjadinya peningkatan kekerasan terhadap perempuan dalam rumah tangga sepanjang 2005 sebanyak 82% dibanding tahun 2004.
8 Maret – Hari Perempuan Internasional diperingati di berbagai kota di Indonesia dengan demonstrasi menolak diskriminasi, pemiskinan, dan RUU Anti Pornografi dan Pornoaksi
10 Maret – Sebuah bom meledak di desa Toini, daerah transmigran, sekitar 30 km dari kota Poso, Sulawesi Tengah. Pelaku pengeboman di daerah itu selama ini belum terungkap.
16 Maret – Tiga petugas polisi dan seorang intel TNI tewas, serta puluhan orang terluka akibat bentrokan terkait demonstrasi penolakan PT. Freeport Indonesia di depan Universitas Cendrawasih, Jayapura.
20 Maret – Aktivitas di empat pelabuhan besar di Indonesia lumpuh selama 21 jam akibat aksi mogok kerja yang dilakukan anggota Organda Unit Angkutan Barang Khusus Pelabuhan untuk memprotes pengenaan PPN terhadap jasa angkutan darat di jalan dan air. Aksi ini akhirnya dihentikan setelah pemerintah memenuhi tuntutan para pemogok.
24 Maret – Pemerintah Indonesia menarik duta besarnya di Australia sebagai protes atas keputusan Australia memberikan visa kepada 42 warga Papua. Tindakan ini diputuskan dalam rapat koordinasi polkam hari Jumat seperti dijelaskan Menkopolhukam Widodo A.S.
April
3 April – Pasangan calon gubernur dan wakil gubernur Barnabas Suebu - Alex Hesegem ditetapkan sebagai peraih suara terbanyak dalam Pemilihan Kepala Daerah Papua. Barnabas-Alex meraih 354.000 suara, disusul oleh Lukas Enembe dengan 333.000 suara.
5 April – Puluhan ribu buruh melakukan demonstrasi serentak di Jakarta dan kota-kota lain menolak revisi UU Ketenagakerjaan No 13/2003.
7 April – Majalah Playboy versi Indonesia mulai beredar walaupun ditentang berbagai pihak.
9 April – Indosiar merencanakan untuk menghentikan penayangan acara Republik BBM, setelah pertemuan para pimpinan stasiun TV dengan wapres Jusuf Kalla tanggal 7 April.
10 April – Kota Padang dan sejumlah kota di Sumatera Barat diguncang gempa berkekuatan 5,5 Skala Richter. Diperkirakan pusat gempa berada 80 km barat laut dari Kota Padang, atau di sekitar Kepulauan Mentawai.
11 April – WC kering ramah lingkungan yang dikembangkan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia diperkenalkan di Jepara, Jawa Tengah. Teknologi tersebut diharapkan dapat menjadi solusi untuk daerah-daerah krisis air bersih di Indonesia.
Gedung kantor redaksi Playboy Indonesia di Jakarta dilempari batu saat Front Pembela Islam berunjuk rasa menuntut penutupan majalah tersebut.
Status gunung Merapi ditingkatkan menjadi status siaga. Kemungkinan besar gunung tersebut akan meletus.
15 April – Dua kereta api tujuan Surabaya, yaitu KA Ekonomi Kertajaya dari Stasiun Pasar Senen dan KA Eksekutif Sembrani dari Stasiun Gambir bertabrakan dini hari, persis di Stasiun Gubug, Kabupaten Grobogan, Jawa Tengah. Korban tewas dilaporkan 13 orang.
17 April – Perahu layar motor "Batista" tenggelam di perairan Rote, Nusa Tenggara Timur. Sebagian besar penumpang selamat dan hanya satu yang belum diketahui nasibnya.
Aktivitas Merapi meninggi dengan guguran lava, gempa multifase, dan gempa vulkanik. Warga di sejumlah desa sekitarnya mulai berkemas sebagai persiapan evakuasi.
KRL Ekspres Pakuan menabrak sebuah metromini di Kalibata, Jakarta Selatan. Tujuh penumpang Metromini tewas.
19 April – Wahana Lingkungan Hidup Indonesia (Walhi) mengingatkan pemerintah bahwa salah satu hutan gambut terbesar di dunia yang ada di Kampar, Riau akan musnah apabila penebangan dan konversi lahan gambut menjadi Hutan Tanaman Industri terus berlangsung.
Kapal utama Greenpeace, Rainbow Warrior, merapat di Jakarta setelah sebulan berlayar di perairan Indonesia dalam rangka patroli pelestarian hutan.
Sedikitnya 16 orang tewas dalam banjir bandang dan tanah longsor di Kabupaten Trenggalek, Jawa Timur.
21 April – Majelis banding Pengadilan Tinggi Jakarta tetap memvonis 14 tahun penjara Pollycarpus Budihari Priyanto, yang dinyatakan bersalah dalam kasus pembunuhan Munir.
28 April – Kerusuhan terjadi di Dili, ibu kota Timor Timur. Sedikitnya dua orang terbunuh dan 28 orang luka-luka setelah ratusan mantan tentara dan pendukungnya mengamuk.
Jam malam dan perintah tembak di tempat diberlakukan di Kabupaten Tuban, Jawa Timur, menyusul kerusuhan sebagai buntut pemilihan kepala daerah.
Dua tersangka teroris dari kelompok Noordin M. Top tewas dalam tembak-menembak dengan polisi di desa Binangun, Kecamatan Kertek, Kabupaten Wonosobo. Dua orang lainnya tertangkap.
Mei
3 Mei – Aksi buruh menuntut dibatalkannya revisi UU Nomor 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan yang dilakukan di depan Gedung DPR/MPR berakhir dengan bentrokan yang terjadi dengan aparat kepolisian. Kemarahan terjadi akibat dari ketidakpuasan para buruh terhadap pernyataan yang dilontarkan oleh pemerintah.
5 Mei – Sedikitnya terjadi empat kali guguran lava pijar di Gunung Merapi, Jumat (5/5) dinihari. Lava pijar menuju Kaliurang sejauh 200 meter. Guguran lava mulai muncul di Gunung Merapi sejak tanggal 4
8 Mei – Wakil Presiden Jusuf Kalla dilaporkan ke Kepolisian Metro Jakarta Raya hari ini. Pelapornya Pengurus Besar Himpunan Mahasiswa Islam-Majelis Penyelamat Organisasi (PB HMI – MPO) menuduh Jusuf Kalla memprovokasi buruh pada aksi 3 Mei lalu.
9 Mei – Indonesia terpilih sebagai anggota Dewan Hak Asasi Manusia PBB, sebuah lembaga baru untuk menggantikan Komisi HAM PBB. Indonesia mendapatkan dukungan 165 negara dari 191 negara anggota PBB.
10 Mei – Mahkamah Agung menolak peninjauan kembali kedua yang diajukan terpidana kerusuhan Poso, Fabianus Tibo, Dominggus da Silva, dan Marinus Riwu.
11 Mei – Dua puluh satu elemen nasionalis yang tergabung dalam JPN melakukan aksi pawai budaya menolak disahkannya RUU APP. Aksi pawai dilakukan dengan menyusuri jalan Sudirman menuju gedung DPR, Senayan.
Jaksa Agung Abdul Rahman Saleh mengeluarkan pernyataan tentang Surat Keputusan Penghentian Penuntutan (SKPP) perkara mantan Presiden Soeharto, yang isinya menghentikan penuntutan dugaan korupsi mantan Presiden Soeharto. SKPP itu dikeluarkan Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan pada 11 Mei 2006.
Peringatan sewindu Tragedi Trisakti, mahasiswa dari berbagai elemen melakukan demonstrasi menuju kediaman Soeharto di Jl.Cendana dan di depan gedung DPR/MPR.
Kota Jakarta diguncang gempa. Getarannya dapat dirasakan di gedung-gedung tinggi di seputar Jakarta Pusat.
13 Mei – Status gunung Merapi ditingkatkan menjadi status awas. Peningkatan status ini terjadi setelah muncul awan panas dari puncak gunung merapi.
14 Mei – Sebelas penggali pasir yang terkubur hidup-hidup di desa Nyalindung, Cipatat, Kabupaten Bandung, ditemukan tewas.
Agama Konghucu memperoleh pengakuan resmi di Malang, Jawa Timur ketika pemeluknya diizinkan mencantumkan agama mereka di KTP.
Sebagai tanggapan terhadap rencana pemerintah untuk menutup kasus pengadilan mantan Presiden Soeharto, para aktivis prodemokrasi mendeklarasikan Gerakan Masyarakat Adili Soeharto di Kantor Kontras, Jakarta.
21 Mei – Unjuk rasa terjadi di sejumlah daerah di Indonesia oleh sejumlah ormas Islam yang menuntut disahkannya RUU APP. Sementara di Bali terjadi unjuk rasa menolak RUU APP.
26 Mei – Kondisi keamanan di Timor Timur yang sedang memburuk menyebabkan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menginstruksikan penutupan sementara pintu perbatasan darat Timor Timur dengan Indonesia di Provinsi Nusa Tenggara Timur.
27 Mei – Gempa bumi hebat kembali terjadi di Indonesia, kali ini mengenai kawasan Yogyakarta dan sekitarnya di pulau Jawa dan mengakibatkan enam ribu orang lebih meninggal dunia. (Lihat pula: Gempa bumi Yogyakarta Mei 2006)
Banjir lumpur panas melanda Sidoarjo hingga saat ini masih belum dapat ditanggulangi.
30 Mei – Gempa tektonik mengguncang Wamena, ibu kota Kabupaten Jayawijaya, Papua. Gempa yang berpusat pada 115 kilometer timur laut Wamena dan berada pada kedalaman laut 33 kilometer berkekuatan 6 Skala Richter (SR). Beberapa saat kemudian, kota Padang dan sejumlah kota di Sumatera Barat juga diguncang gempa berkekuatan sedang. Tidak ada korban jiwa dalam kedua gempa ini.
Sebanyak 124 pohon di Kebun Raya Bogor yang banyak di antaranya berusia di atas seratus tahun tumbang akibat angin kencang dan badai yang melanda Bogor. Hujan badai juga menyebabkan lima belas rumah rusak berat (di antaranya rata dengan tanah), satu jembatan putus di Kelurahan Kebon Jahe, 54 rumah rusak ringan di Kelurahan Paledang, dan lima rumah rusak berat di Kelurahan Empang, serta belasan mobil rusak.
Hujan abu vulkanik dari luncuran awan panas Gunung Merapi yang lebat, tiga hari belakangan ini terjadi di Kota Magelang dan Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Muntilan sekitar 14 kilometer dari Puncak Merapi, paling merasakan hujan abu ini.
4 Juni – Aktivitas Gunung Merapi lampaui status awas. Kepala BPPTK DIY Ratdomo Purbo menjelaskan bahwa dua hari terakhir ini volume lava di kubah Merapi memenuhi seluruh kapasitas kubah merapi sehingga tambahan semburan lava terbaru akan langsung keluar dari kubah Merapi.
8 Juni – Gunung Merapi menyemburkan awan panas yang membuat ribuan warga di wilayah lereng Gunung Merapi panik dan berusaha melarikan diri ke tempat aman. Semburan awan panas sejauh lima km lebih mengarah ke hulu Kali Gendol (lereng selatan) dan menghanguskan sebagian kawasan hutan di utara Kaliadem di wilayah Kabupaten Sleman.
12 Juni – Dalam sidang putusan praperadilan Soeharto, Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan Andi Samsan Nganro menyatakan bahwa SKP3 Soeharto tidak sah menurut hukum dan tuntutan terhadap HM Soeharto tersebut dibuka dan dilanjutkan.
13 Juni – Semburan lumpur panas di Kecamatan Porong, Sidoarjo, Jawa Timur, pada hari ke-14 semakin tidak terkendali dan belum ada tanda-tanda mereda. Lumpur panas telah merendam 45 hektare sawah dan tambak, pemukiman penduduk di tiga desa, tujuh pabrik, dan sebagian jalan tol. Penduduk semakin banyak yang mengungsi.
14 Juni – Abu Bakar Ba'asyir, terpidana konspirasi serangan bom Bali 2002, selesai masa tahanannya dan dibebaskan dari LP Cipinang, Jakarta.
16 Juni – Sidang kasus suap terhadap Mahkamah Agung dengan terdakwa Harini Wiyoso diwarnai aksi walk out salah seorang kuasa hukum terdakwa yang kecewa karena persidangan telah melewati masa 90 hari. Sebelumnya sidang sempat tertunda sebanyak enam kali karena ketua majelis tidak menyetujui pemanggilan saksi Bagir Manan.
20 Juni – Banjir dan longsor melanda sejumlah kabupaten di Sulawesi Selatan. Genangan air, longsoran tebing, dan jembatan putus mengakibatkan beberapa kabupaten terisolasi. Dilaporkan sedikitnya 38 orang tewas, puluhan lainnya dinyatakan hilang.
29 Juni – Setelah beberapa hari terakhir merendam dua ribu rumah di Kecamatan Katingan Tengah, banjir luapan Sungai Katingan di Kabupaten Katingan, Kalimantan Tengah, mengalir ke hilir, terutama ke Kecamatan Pulau Malan dan Tewang Sangalang Garing, dan mulai menggenangi ruas jalan trans-Kalimantan di Kereng Pangi Kilometer 10, Katingan Tengah, yang menghubungkan kota Palangkaraya dengan Sampit, Kabupaten Kotawaringin Timur.
Juli
11 Juli – UU Kewarganegaraan dan UU Pemerintahan Aceh disetujui DPR.
13 Juli – Tujuh orang tewas dan tiga orang luka berat akibat carok massal di Desa Bujur Tengah, Kecamatan Batumarmar, Kabupaten Pamekasan, Madura, Jawa Timur. Jumlah korban diduga masih akan bertambah, karena banyak korban yang melarikan diri meskipun dalam keadaan luka.
17 Juli – Sebuah tsunami yang disebabkan oleh gempa bawah laut menewaskan lebih dari 668 orang, 287 hilang dan 74.100 orang lainnya kehilangan tempat tinggalnya di bagian selatan Jawa. (Lihat pula: Gempa bumi Jawa Juli 2006)
24 Juli – Gempa bumi dengan kekuatan 6,6 SR menghantam selatan Gorontalo. Gempa tersebut tidak menimbulkan tsunami walaupun sempat diduga berpotensi sebaliknya oleh BMG.
26 Juli – Stadion Menteng yang didirikan pada 1921 dan berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Jakarta Tahun 1975 telah ditetapkan sebagai salah satu kawasan cagar budaya yang harus dilindungi, dirobohkan oleh Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.
11 Agustus - Pada detik-detik terakhir menjelang pelaksanaan hukuman mati atas tiga tertuduh kasus Poso (Fabianus Tibo, Marinus Riwu dan Dominggus da Silva), pemerintah Indonesia mengeluarkan perintah penundaannya. Penundaan ini datang beberapa jam setelah Paus Benediktus XVI mengeluarkan imbauan khusus kepada Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
12 Agustus – Sebuah gempa susulan kembali menerpa Sibolga, Sumatera Utara, namun tidak menimbulkan korban jiwa.
6 September – Ledakan bom terjadi di Desa Tangkura, Kecamatan Poso Pesisir, Kabupaten Poso, Sulawesi Tengah, menewaskan seorang warga.
7 September – Aktivis hak asasi manusia dan keluarga para korban pelanggaran HAM memperingati dua tahun kematian Munir, sekaligus peringatan Hari Pembela HAM Indonesia. Acara yang juga dihadiri utusan Amnesty International ini berlangsung di Tugu Proklamasi Jakarta.
8 September – Indonesia menuntut akses kepada Hambali, yang disebut-sebut sebagai tangan kanan Osama bin Laden di kawasan itu, setelah mendapatkan konfirmasi dari Washington bahwa ia masih hidup dan dipindahkan ke Teluk Guantanamo, Kuba.
18 September – Para ilmuwan dari Conservation International menemukan sejumlah spesies baru di perairan Irian Jaya Barat, di daerah Kepala Burung, antara lain ikan hiu yang berjalan dengan siripnya, dan udang yang tampak seperti belalang sembah. Tim itu juga memperingatkan bahwa binatang-binatang di daerah itu sangat terancam, karena nelayan menggunakan dinamit dan racun sianida untuk menangkap ikan.
20 September – Pejabat-pejabat Indonesia mengatakan ribuan polisi dikerahkan di Poso dalam mengantisipasi berbagai kemungkinan sehubungan dengan rencana eksekusi terhadap Fabianus Tibo, Marinus Riwu, dan Dominggus da Silva yang dituduh bersalah dalam penyerangan kepada kelompok Muslim pada Mei 2000. Eksekusi akan dilaksanakan pada Jumat dini hari mendatang.
22 September – Fabianus Tibo, Dominggus da Silva, dan Marinus Riwu dieksekusi mati sehubungan dengan kerusuhan Poso yang sarat dengan muatan politis. Eksekusi tersebut ditentang luas dan menimbulkan kontroversi di masyarakat.
Oktober
2 Oktober – Asap dan abu dari hutan-hutan yang dibakar di Indonesia menutupi bagian barat Indonesia, dan menyebabkan memburuknya kualitas udara di Singapura dan Malaysia.
4 Oktober – Mahkamah Agung menyatakan Pollycarpus Budihari Priyanto tidak terbukti melakukan pembunuhan berencana terhadap Munir. Dalam putusan kasasinya, MA hanya menghukum Pollycarpus dua tahun penjara karena terbukti menggunakan surat palsu.
Pemerintah Indonesia berjanji akan segera meratifikasi Persetujuan ASEAN tentang Pencemaran Asap Lintas-Batas menyusul kabut asap tahunan dari Indonesia yang kembali menyelimuti negara tersebut dan tetangganya, Malaysia dan Singapura.
Indonesia melunasi seluruh sisa utangnya sebesar US$3,2 miliar kepada IMF, empat tahun lebih awal dari jadwal.
Wabah penyakit chikungunya di Kelurahan Cinere, Kecamatan Limo, Kota Depok telah menjangkiti sedikitnya 117 orang. Sebagian besar penderita adalah warga RT 02/RW 04, yang berjumlah 56 orang.
Indonesia, Italia, Afrika Selatan, dan Belgia terpilih sebagai anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB untuk periode 2 tahun dan mulai bertugas sejak 1 Januari 2007.
Pdt. Irianto Kongkoli, MTh, Sekretaris Umum Majelis Sinode Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST) tewas ditembak orang tidak dikenal di Palu, masih terkait dengan kerusuhan agama yang berlangsung di Palu.
17 Oktober – Kejaksaan Agung Republik Indonesia mulai menayangkan foto dan menyebarkan data para buronan tindak pidana korupsi yang putusan perkaranya telah berkekuatan hukum tetap. Data dan foto 14 belas koruptor tersebut direncanakan ditayangkan di televisi dan media massa dengan frekuensi seminggu sekali.
19 Oktober – Biaya menghentikan banjir lumpur di Sidoarjo dan membersihkannya diperkirakan akan mencapai setidaknya AS$180 juta, sementara biaya akhirnya diduga akan jauh lebih besar lagi.
27 Oktober – Jembatan gantung yang berada di lokasi wisata Kebun Raya Bogor, Jawa Barat nyaris ambruk akibat baut di salah satu penyangganya lepas. Untuk mengamankan keseimbangan, petugas menopang jembatan dengan bambu.
30 Oktober – Tommy Soeharto dibebaskan bersyarat dari penjara setelah mendapatkan remisi enam minggu pada perayaan Idul Fitri.
November
6 November – Bank Indonesia memperkirakan cadangan devisa dalam mata uang asing mencapai sekitar 47 miliar Dolar Amerika pada akhir tahun 2007 atau lebih tinggi dari perkiraan sebelumnya yang hanya diperkirakan 39,5 miliar Dolar Amerika.
7 November – Kabut asap masih pekat meski Kota Palangkaraya, Kalimantan Tengah, sempat diguyur hujan. Jarak pandang pun hanya 50 meter.
11 November – Bom meledak di sebuah restoran A&W di Jakarta Timur. Seorang laki-laki terluka dalam ledakan itu dan dirawat di sebuah rumah sakit terdekat. Motif peledakan ini belum diketahui.
12 November – Muhamad Nuh, korban yang dirawat akibat ledakan bom di Jakarta Timur, diduga adalah pelaku pengeboman tersebut.
20 November – Presiden Yudhoyono beserta anggota kabinet dan 9 tokoh sipil bertemu dengan Presiden AS George W. Bush yang berkunjung ke Bogor, Jawa Barat.
22 November – Pipa gas Pertamina yang berada di bawah luberan lumpur Lapindo Brantas di Porong, Sidoarjo meledak, disusul jebolnya sejumlah titik tanggul penahan lumpur. Akibatnya lima orang tewas dan belasan luka bakar cukup parah. Kobaran api yang sangat besar menyala di titik ledakan dekat Km 38 Jalan Tol Porong-Gempol.
29 November – Gempa berkekuatan 6,2 Skala Richter (SR) mengguncang wilayah Ternate, Maluku Utara dan Manado, Sulawesi Utara.
Desember
8 Desember – DPR-RI menyetujui 16 RUU tentang pembentukan 16 kabupaten dan kota baru di sejumlah provinsi.
11 Desember – Pilkada memilih gubernur dan 19 bupati/wali kota secara serentak digelar di Aceh, sebagai lanjutan dari perjanjian damai 2005. Mantan pemimpin separatis Irwandi Yusuf terpilih sebagai gubernur Aceh.
20 Desember – Konser grup musik Ungu di Kedungwuni, Pekalongan, Jawa Tengah, merenggut korban: 10 orang tewas karena terinjak-injak dan bertabrakan dengan penonton keluar dan masuk. Selain terinjak-injak, mereka juga meninggal karena terperosok ke dalam parit di dekat pintu stadion.
30 Desember – KMP Senopati Nusantara yang mengangkut 800-an penumpang dan 25 anak buah kapal (ABK) dinyatakan hilang. Kapal ini hilang sekitar utara Pulau Mundanika, Kalimantan Selatan. Baru ditemukan 117 orang yang selamat. (Lihat pula: Musibah KM Senopati Nusantara)
Hari libur nasional di Indonesia
Hari-hari libur nasional Indonesia untuk tahun 2006: