12 Juni –Sebuah helikopter Puma milik TNI-AU jatuh di Bogor hingga menyebabkan 4 awaknya tewas.
Juli
8 Juli – Pemilihan umum presiden dan wakil presiden dilakukan secara serentak di seluruh Indonesia. Pemenangnya adalah Presiden Susilo Bambang Yudhoyono-Boediono untuk masa jabatan 2009-2014.
17 Juli – Terorisme mengguncang Jakarta. Sebuah bom meledak di dua hotel ternama yaitu JW Mariott dan Ritz Charlton. Peristiwa ini mengakibatkan 9 orang meninggal dunia dan 53 terluka (termasuk 16 WNA dan 37 WNI). Pelakunya adalah Noordin M. Top dan Ibrohim.
September
2 September – Gempa berkekuatan 7,3 Skala Richter mengguncang wilayah Jawa Barat bagian selatan yang berpusat di 142 km barat daya Tasikmalaya. Gempa ini mengakibatkan puluhan orang dilaporkan tewas dan ratusan orang lainnya dilaporkan mengalami luka-luka, dikarenakan gempa. Gempa ini juga dirasakan hingga Bali. Lalu, terjadi gempa susulan berkekuatan 4,9 pada Skala Richter pada pukul 16.28 WIB pada tanggal 2 September 2009. (lihat pula: Gempa bumi Jawa Barat 2009)
7 September – Gempa terjadi di Yogyakarta berkekuatan 6,8 skala Richter yang diperkirakan terkait dengan yang terjadi sebelumnya di Jawa Barat. Gempa ini tidak menimbulkan kerusakan.
30 September – Terjadi kembali gempa berkekuatan 7,6 Skala Richter mengguncang Sumatera Barat, dan mengakibatkan 1.117 orang tewas, 1.214 orang luka berat, 1.688 orang luka ringan dan 1 hilang. (Lihat pula: Gempa bumi Sumatera Barat 2009)
Berdasarkan Surat Keputusan Bersama 3 Menteri tentang Hari-Hari Libur Nasional dan Cuti Bersama Tahun 2009,[1] terdapat 14 hari libur nasional dan 4 hari cuti bersama, sebagai berikut:[2]