Ia belajar antara tahun 1882-1885 di Owens College, Manchester. Setahun kemudian ia belajar bersama Otto Fischer di Erlangen sampai tahun 1887. Ia kembali lagi ke Manchester sebagai dosen di sana sampai tahun 1897 ketika ia diangkat sebagai kimiawan di British Institute of Preventive Medicine yang baru didirikan, yang kemudian menjadi Lister Institute. Pada tahun 1907 ia diangkat sebagai kepala bagian biokimia. Kedudukan ini terus dipegang sampai pensiunnya pada tahun 1930.
Di Manchester, Harden mempelajari efek cahaya pada campuran karbon dioksida dan klor dan ketika masiuk lembaga tersebut ia menggunakan metode itu pada pengamatan fenomena biologis seperti aksi kimiawi bakteri dan fermentasi alkohol. Ia mempelajari produk pecahan glukosa dan kimia selragi, dan menulis serangkaian artikel tentang vitaminantisariawan dan antineuritis.
