בהקמתו נקרא היישוב בית חנון על שם בית חאנון שעל קרקעותיה הוא הוקם. בשנת 1943 נקבע שם המקום כשְׁדֵמוֹת[3][4][5]. בשנת 1946 הוסב שם היישוב לניר עם, כסמל ל”ניר של חלוצי העם המפלסים דרך להתיישבות המוני ישראל באזור רחב ידיים זה”[6].
קרן היסוד חפר במקום באר לאספקת מים[14]. קידוחים באזור ניר עם שימשו מקור לקו המים שהונח בשנת 1947 וסיפק מים ל-11 הנקודות בנגב, שהוקמו במוצאי יום הכיפורים תש"ז[15].
מפעל מכסף לייצור סכו"ם נרכש על ידי הקיבוץ בשנת 1961 ומאז הוא פועל בבעלותו.
ליד ניר עם נמצאת גבעת תצפית לעבר רצועת עזה ועליה פסל מתכת של פרש וסוסו. הפסל הוקם בשנת 2002 לזכר שומר השדות יעקב (ינצ'יק) גברי חבר קיבוץ ניר עם, על ידי בנו ונכדו. במבצע עופרת יצוקה, כשכתבי החוץ לא הורשו להיכנס לרצועה, הם שידרו את כתבותיהם מגבעה זו.
בשנת 2014 במהלך מבצע "צוק איתן" חדרו מחבלים לישראל ותכננו לפגע בקיבוץ ניר עם ובקיבוץ ארז הסמוך, צה"ל שלח כוח של בית הספר לקצינים, בהיתקלות נהרגו ארבעה קצינים ולוחמים[16].
בהיותו יישוב חקלאי או יישוב באזור פיתוח, עובדים המעתיקים את מקום מגוריהם ליישוב וגרים בו לפחות שישה חודשים רצופים, נהנים מכך שאם התפטרו לשם כך מעבודתם, ההתפטרות תיחשב להם כפיטורים.[17] בהיותו אחד מיישובי עוטף עזה, ניתן לתושביו זיכוי ממס הכנסה בהתאם לסעיף 11 לפקודת מס הכנסה.[18]
ב-7 באוקטובר 2023, במסגרת מתקפת הפתע על ישראל, תקפו כ-65 מחבלים המשתייכים לארגון הטרור הפלסטיני חמאס את הקיבוץ, בניסיון לבצע בו טבח ולחטוף אזרחים לעזה. כוחות גולני ומג"ב בלמו את ההתקפה בקרב שנמשך כשמונה עשרה שעות[19].
