נולד בשם ג'ונתן סטוארט לייבוביץ[1] (Jonathan Stuart Leibowitz) בניו יורק שבארצות הברית, למשפחה יהודית-אשכנזית, וגדל עם שלושת אחיו בניו ג'רזי. אמו, מריאן (לבית לסקין) הייתה מורה ויועצת חינוכית, ואביו דונלד לייבוביץ ((1931–2013) היה רכז צריכת אנרגיה במשרד האוצר של ניו ג'רזי. משפחתם היגרה לארצות הברית מפולין, מאוקראינה ומבלארוס.
בגיל צעיר שינה את שמו באופן לא-רשמי, כך שהחליף את שם משפחתו בשמו האמצעי, מ"ג'ונתן סטוארט לייבוביץ" ל"ג'ון סטיוארט". הוא מסביר זאת בשל היחסים המורכבים שהיו ועודנם יש לו עם אביו. מבחינה רשמית שינה את שמו לסטיוארט בשנת 2001.
בתיכון היה חבר בלהקת בית הספר, וניגן בקרן יער. תחילה החל ללמוד כימיה בקולג' ויליאם ומרי (College of William & Mary) שבווירג'יניה, אך בהמשך החליף את מקצועו ועבר ללמוד פסיכולוגיה. בעת לימודיו שיחק בנבחרת הכדורגל של הקולג' ועבד כמאמן כדורגל בבית ספר תיכון בגלוסטר שבווירג'יניה.
קריירה
בשנת 1986 עבר לניו יורק, כדי לנסות את מזלו במועדוני סטנד-אפ, אך עד 1987 לא היה לו את האומץ לעלות לבמה.
בשנת 1989 קיבל את עבודת הטלוויזיה הראשונה שלו ככותב ל"Caroline's Comedy Hour", ב-1991, הוא הופיע בתוכנית "Short Attention Span Theater" בערוץ הקומדי סנטרל, ובשנת 1992 החל להנחות את תוכנית האירוח הראשונה של רשת MTV. ב-1993, הוא היה בין המועמדים להחליף את דייוויד לטרמן שעזב את ערוץ NBC, אך לבסוף קונאן או'בריאן נבחר.
בשנת 1999 החל להנחות את הדיילי שואו, אחרי פרישתו של המנחה קרייג קילבורן. ב-1996 קיבל סטיוארט את התפקיד הראשון שלו בסרט "מועדון האקסיות". ב-1998 סטיוארט הוציא את ספרו הראשון " Naked Pictures of Famous People", אוסף של סיפורים קצרים ומסות הומוריסטיות.
בשנת 2012 סגרה תוכניתו של סטיוארט עשור שלם של זכיות בפרס אמי.
ב-21 ביוני2013 התארח סטיוארט בתוכניתו של באסם יוסוף המכונה "ג'ון סטיוארט המצרי". הביקור הגיע לאחר תמיכה קודמת שהביע סטיוארט ביוסוף, במסגרתה פרסם מערכון אודות מעצרו של יוסוף בידי השלטונות המצרים בראשות מוחמד מורסי. מערכון זה, אשר הומלץ בידי השגרירות האמריקאית בקהיר, גרם לתקרית דיפלומטית בין ארצות הברית למצרים.[2]
ב-14 בנובמבר2014 יצא סרטו הראשון של סטיוארט כבמאי, "רוזווטר", המבוסס על ספרו של העיתונאי האיראני-קנדי מזיאר בהארי (אנ') על מעצרו באיראן. לאורך התקופה שהפיק את הסרט, נעדר זמן רב מהנחיית ה"דיילי שואו", ואת תפקידו החליף באופן זמני ג'ון אוליבר, מי שעתיד להפוך למגיש תוכנית בעצמו, "השבוע שעבר", בערוץ HBO.
ב-10 בפברואר2015 הודיע כי יפרוש מתפקידו כמנחה תוכנית הדיילי שואו בסתיו 2015, לאחר 16 שנים בתפקיד.[3] במרץ שבאותה השנה הודיע כי הקומיקאי הדרום אפריקאיטרבור נואה נבחר להחליפו בהגשת התוכנית.[4] באוגוסט 2015 הגיש בפעם האחרונה את התוכנית. מאז הופיע בתוכנית פעם אחת בדצמבר 2015, כדי לקדם את העמותה לזכר נפגעי 11 בספטמבר.
כיום משמש סטיוארט כמפיק בפועל של התוכנית של חברו הטוב מימי הדיילי שואו סטיבן קולבר, "לייט שואו עם סטיבן קולבר". הוא אף מופיע פעמים רבות בתוכנית, לרוב בקטעים פוליטיים, שמזכירים את ימיו כמנחה הדיילי שואו.
סטיוארט הפך לצמחוני ב-2015 בהשפעת אשתו, שהיא טבעונית ופעילה למען בעלי חיים. החל מ-2017, הזוג החל לנהל ביחד שמורה לטיפול בבעלי חיים שהוצלו מתעשיות הבשר, הביצים והחלב. בהמשך הפך אף הוא לטבעוני. בריאיון סיפר שקשה הרבה יותר להצדיק אכילה של בעלי חיים לאחר שמכירים אותם מקרוב.[7]
במלחמת חרבות ברזל
באוקטובר 2023, כשבועיים לאחר תחילת מלחמת חרבות ברזל ולקראת כניסה קרקעית של צה"ל לעזה, סטיוארט, יחד עם עוד קבוצה של 54 אמנים ואישים בתעשיית הבידור חתם על מכתב פתוח לנשיא ג'ו ביידן[8]. חותמי המכתב מבקשים מהנשיא ביידן לקרוא להפסקת אש בעזה ובישראל. המכתב מדגיש את המשבר ההומניטרי בעזה, נטען שם כי אזלו לתושבים אספקה חיונית כמו מזון, מים, חשמל ותרופות, וקורא לשחרור בטוח של בני הערובה.