Benjamin Geza Affleck va néixer a Califòrnia, però va créixer a Cambridge a Massachusetts. El seu pare era un treballador social que es va divorciar. La seva mare era professora d'escola.
Des de la seva joventut, ha interpretat papers en pel·lícules de televisió, de vegades amb el seu germà Casey Affleck, nascut el 1975. Així va començar a la pantalla petita a l'edat de vuit anys, en la sèrie The Voyage of the Mimi (1984). En aquella època, va fer amistat amb l'actor Matt Damon. Després dels estudis, es van instal·lar tots dos a Los Angeles i junts van escriure el guió de Good Will Hunting (1997) que va obtenir un Oscar el 1998, fet que el va fer conegut i li va permetre aconseguir altres papers.
El 2007, treu la seva segona pel·lícula com a director Gone Baby Gone, en els papers principals: el seu germà Casey Affleck com a detectiu privat, Michelle Monaghan, Morgan Freeman i Ed Harris. Aquesta pel·lícula és l'adaptació d'un llibre del mateix nom de Dennis Lehane i li permet ser més creïble com a director entre els professionals.
Vida privada
A la seva vida privada, ha mantingut algunes relacions, en particular amb les actrius Gwyneth Paltrow i Jennifer Lopez.
El juny del 2005 es casa amb l'actriu Jennifer Garner que li dona una filla, Violet Anne, el desembre de 2005. El 6 de gener del 2009 tenen la segona filla, Seraphina Rose Elizabeth Affleck, nascuda a Los Angeles. El 22 d'agost de 2011 Affleck i Garner van anunciar que Garner estava embarassada per tercera vegada.