Blobel dianugerahi Hadiah Nobel Kedokteran 1999 untuk penemuan bahwa protein yang baru disintsis mengandung "tag alamat" yang mengarahkannya ke lokasi yang tepat dalam sel, yang dikenal sebagai sasaran protein.
Blobel juga dikenal atas dukungannya yang langsung dan aktif atas pembangunan kembali Dresden di Jerman, pada 1994 menjadi pendiri dan presiden "Friends of Dresden, Inc" yang bersifat nirlaba. Ia mendanai semua uang Hadiah Nobel untuk perbaikan kembali Dresden, khususnya untuk pembangunan kembali Frauenkirche (selesai pada 2005) dan pembangunan sinagog baru.