Divisi Utama Liga Indonesia 2006 adalah musim kedua belas Liga Indonesia. 28 tim bermain pada musim ini. Kompetisi musim ini disponsori oleh Djarum dan ditayangkan di antv dan TV7 (sekarang Trans7).
28 tim peserta dibagi ke dalam dua grup (Wilayah Satu dan Dua) berdasarkan letak geografis dan prestasi tim. Empat tim teratas dari setiap grup maju ke babak 8 besar yang dibagi dalam dua grup. Dua tim teratas dari babak 8 besar maju ke babak semifinal. Pemenang pertandingan semifinal saling berhadapan di pertandingan final.
Pada pertengahan musim, PSIM Mataram dan PSS Sleman mengundurkan diri dari kompetisi musim ini, akibat adanya gempa bumi yang merusak infrastruktur dan menggangu mental pemain. Untuk alasan itu, PSSI dan penyelenggara liga menyatakan bahwa degradasi diatadakan untuk musim tersebut atas alasan tersebut.[1]
Babak reguler
Putaran pertama dilaksanakan dari tanggal 14 Januari 2006 hingga 1 April 2006. Putaran kedua dilaksanakan dari tanggal 8 April 2006 dan berakhir tanggal 24 Juni 2006.