Tim yang awalnya bernama Pupuk Kaltim ini dibentuk pada tanggal 18 Juni 1988 oleh perusahaan PT Pupuk Kaltim dan diikutsertakan pertama kali ke kompetisi Galatama pada tahun yang sama. Pupuk Kaltim sendiri pernah beberapa kali mengikuti turnamen Piala Winners Asia.
Pada tanggal 12 Juni 2009, PKT Bontang mengubah namanya menjadi Bontang FC setelah klub ini berpindah tangan dari PT Pupuk Kaltim ke Pemerintah Kota Bontang. Setelah beberapa musim mengalami krisis keuangan, akhirnya datang Investor dari Thailand yang bersedia mendanai Bontang FC dalam kompetisi Liga Prima Indonesia tahun 2011-2013.
Pada akhir tahun 2013, Bontang dihukum Komisi Disiplin PSSI hingga terdegradasi ke Liga Nusantara 2014 setelah diduga melakukan pengaturan skor. Pelatih Bontang FC kala itu, Camara Fode, yang juga menjabat sebagai manajer klub juga dijatuhi sanksi larangan beraktivitas di sepak bola di seluruh dunia selama seumur hidup atas perbuatannya.[3]
Mewakili Indonesia di Piala Winners Asia 1991-1992, 1992-1993, 2000-2001.
Julukan
Laskar Khatulistiwa
Kota Bontang terletak dekat dengan garis Khatulistiwa, maka Bontang FC di beri Julukan Laskar Khatulistiwa.
Laskar Bukit Tursina
Di Kota Bontang terdapat bukit yang bernama Bukit Tursina, maka Bontang FC di beri julukan Laskar Bukit Tursina.
Pendukung
Kelompok pendukung fanatik klub ini adalah Mandau Mania dan dianggap sebagai kelompok pendukung PKT Bontang yang terbesar. Beberapa kelompok suporter lain yang memiliki anggota yang cukup banyak adalah Sintuk Mania, The Valcon dan BSD(Bontang Suporter Damai).
Namun sejak 25 Februari 2008, terbentuklah sebuah organisasi suporter PKT Bontang yang baru, bernama Bontang Mania setelah melalui rangkaian rapat dan debat pendapat sejak akhir Januari 2008. Wadah ini adalah leburan tiga elemen suporter PKT Bontang terdahulu, yakni The Valcon, Sintuk Mania dan BSD.
Mantan ketua The Valcon, Nurkhalid, terpilih sebagai ketua umum. Sementara senior Sintuk Mania, Hamsani alias Ancha dipercaya menjabat ketua harian. Dalam menjalankan tugasnya, keduanya dibantu tiga koordinator wilayah yakni Tomi (Utara), Ahmad Nurkholiq (Barat) dan Mustamin (Selatan).
Tentu saja, ini dukungan signifikan dari kelompok suporter untuk mendukung target pengurus mengembalikan kejayaan PKT Bontang di kancah persepak bolaan nasional pada Kompetisi Liga Indonesia mendatang.
Sejatinya Bontang Mania bukan hanya leburan tiga elemen fans tadi. Pasalnya, beberapa kelompok suporter baru juga memastikan diri bergabung. Di antaranya dari Kampung Baru, Lembah, Berbas Pantai, Porto, Tipalayo, Sidrap, Loktuan, Guntung, Kanaan, Telihan, Terminal Bontang, JPP dan Regomasi.
Stadion Mulawarman yang berada di Kota Bontang kini digunakan oleh Bontang FC sebagai tempat menggelar pertandingan kandang mulai dipakai oleh Bontang FC sejak tahun 1993 saat masih bernama Pupuk Kaltim. Bontang FC sendiri juga pernah memakai Stadion Sempaja di Kota Samarinda untuk menggelar laga kandang melawan PSM Makassar pada tanggal 12 Februari 2006 karena di Kota Bontang saat itu sedang diselenggarakan Pilkada.
Seragam
Seragam Bontang FC untuk menghadapi musim 2009-2010 diproduksi dan didesain oleh Specs dengan budaya entik lokal (Dayak) yakni kandang (Merah-Merah), tandang (Hijau-Hijau),dan ketiga (Kuning-Hitam) dengan logo baru Bontang FC.
Akademi
Pupuk Kaltim dulu mendirikan sekolah akademi sepak bola yang dinamakan SSB Mulawarman dan Diklat Sepak Bola Mandau. Kedua akademi ini lebih berorientasi untuk pengembangan para pemain asli daerah. Akademi Diklat Mandau dikenal karena berhasil mencetak beberapa pemain yang telah ternama di kancah persepak bolaan Indonesia seperti Bima Sakti dan Ponaryo Astaman.
