Ahonen er kjent for at han sjelden smiler, ikke en gang når han vinner. Han skal en gang ha blitt stilt spørsmål om dette og svart: «We are here to jump, not to smile» (Vi er her for å hoppe, ikke for å smile). Denne eiendommeligheten er forhistorien til Åge Aleksandersens sang «Janne Ahonens smil».
26. mars2008 kunngjorde Janne Ahonen at han legger opp.[3]8. mars2009 fortalte Ahonen i et intervju med den finske TV-kanalen MTV 3 at han planlagte å returnere til skihopping til høsten 2009.[4][5] Han etablerte seg raskt i verdenstoppen på nytt og ble tatt ut på det finske laget til Vinter-OL 2010.
I 2009 ble boken «Kongeørnen» utgitt som en selvbiografi ført i pennen av journalisten Pekka Holopainen. I denne boken ga Ahonen et innblikk i hoppsportens virkelighet bak kulissene. Blant de mange historiene var det beretningen fra skiflygningsrennet i Planica 2005 som vakte mest oppsikt; Bjørn Einar Romøren satte i dette rennet verdensrekord med 239 meter, og Ahonen fulgte opp med et enda lengre svev. Han trakk seg imidlertid i landingen og klarte ikke å holde seg stående på 240 meter. Han fikk seg en kraftig trøkk, men nektet å la seg undersøke av lege. Årsaken var at han sammen med sin finske lagkamerat Risto Jussilainen hadde festet og drukket alkohol utover natten i forveien, og han var redd for at en legeundersøkelse ville ha avdekket at han hadde hoppet i promillerus.[6]
