VIPAS39
Homolog spermatogenezno-defektnog proteina 39 je protein kojo je kod ljudi kodiran genom VIPAS39. Ovaj protein je uključen je u sortiranje lizosomskih proteina. Mutacije u ovom genu povezane su sa ARCS2 artrogripozom, bubrežnom disfunkcijpm i holestazom-2). Alternativna prerada rezultirala višestrukim varijantama transkripta.[5]
VIPAR uključen je u unutarćelijsko sortiranje i promet lizosomnim proteinima (Zhu et al., 2009). Analizom genomske sekvence, Heilig et al. (2003) locirali su gen VIPAR na hromosomu 14, sekvenca 14q24.3.[6]
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 493 aminokiseline, a molekulska težina 57.005 Da[7].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MNRTKGDEEE | YWNSSKFKAF | TFDDEDDELS | QLKESKRAVN | SLRDFVDDDD | ||||
| DDDLERVSWS | GEPVGSISWS | IRETAGNSGS | THEGREQLKS | RNSFSSYAQL | ||||
| PKPTSTYSLS | SFFRGRTRPG | SFQSLSDALS | DTPAKSYAPE | LGRPKGEYRD | ||||
| YSNDWSPSDT | VRRLRKGKVC | SLERFRSLQD | KLQLLEEAVS | MHDGNVITAV | ||||
| LIFLKRTLSK | EILFRELEVR | QVALRHLIHF | LKEIGDQKLL | LDLFRFLDRT | ||||
| EELALSHYRE | HLNIQDPDKR | KEFLKTCVGL | PFSAEDSAHI | QDHYTLLERQ | ||||
| IIIEANDRHL | ESAGQTEIFR | KHPRKASILN | MPLVTTLFYS | CFYHYTEAEG | ||||
| TFSSPVNLKK | TFKIPDKQYV | LTALAARAKL | RAWNDVDALF | TTKNWLGYTK | ||||
| KRAPIGFHRV | VEILHKNNAP | VQILQEYVNL | VEDVDTKLNL | ATKFKCHDVV | ||||
| IDTYRDLKDR | QQLLAYRSKV | DKGSAEEEKI | DALLSSSQIR | WKN |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Funkcija gena
Kompleksi homotipske fuzije i vakuolnog sortiranja proteina (HOPS) reguliraju pristajanje unutarćelijskih vezikula, interakcijom sa SNARE-ovima . Analizom imunoprecipitacije i Western blot analizom gradijentnih frakcija saharoze u ćelijama HeLa i HEK293, Zhu et al. (2009) pokazali su da je SPE39 bio u interakciji s brojnim endogenim ili kotransfektiranim HOPS komponentama, uključujući VPS33A i VPS33B. Nokautiranje SPE39 u ćelijama HEK293 putem RNK smetnji uticalo je na morfologiju i sortiranje RAB11 i sintaksin – 13 (STX13, ili STX12) – pozitivnih endosoma za recikliranje i RAB7, sintaksina -7 (STX7) i sintaksin-8 (STX8)-pozitivni kasni endosomi. To nije promijenilo Golgijev promet endosoma za sortiranje. Razaranje SPE39 u ćelijama HeLa poremetilo je promet M6PR i isporuku lizosomskog enzima katepsina D, posredovanog M6PR (CTSD), te je odgodilo razgradnju internaliziranog EGFR-a . Zaključili su da VIPAR regulira sortiranje i promet rezidualnih lizosomskih proteina duž puteva sortiranja i recikliranja.[8]
U 2-hibridnom skriningu kvasca za identifikaciju proteina u interakciji sa VPS33B, Cullinane et al. (2010) otkrili su da protein kodiran C14ORF133-pm, koji su odredili kao VIPAR, ima najveći prioritet zasnovan na bioinformatičkim analizama homologije i pretpostavljene funkcije. Studije koimunoprecipitacije u transficiranim ćelijama HEK293 potvrdile su interakciju između prekomjerno eksprimiranog VPS33B i VIPAR-a, uz stvaranje funkcionalnih kompleksa VPS33B-VIPAR na citoplazmatskim organelima koji su stupili u interakciju s RAB11A. Rszaranje vipara kod zebrica rezultiralo je izlučivanjem žuči i oštećenjem E-kadherina (CDH1) sličnim onima kod osoba sa ARC sindromom, uzrokovanim mutacijom u VPS33B ili VIPAR. Mišje ćelije sa unutrašnjim medularnim sabirnim kanalom (MIMCD-3) sa nedostatkom Vipara i Vps33b eksprimirale su membranske proteine abnormalno i imale su strukturne i funkcionalne defekte uskog spoja. Abnormalna ekspresija Ceacam5 nastala je zbog pogrešnog razgradnje ka lizosomskoj degradaciji, ali smanjeni nivoi E-kadherina bili su povezani sa transkripcijskom regulacijom. Zaključili su da kompleks VPS33B-VIPAR ima različite funkcije u putevima koji reguliraju apikalno-bazolateralnu polarnost u jetri i bubrezima.
Molekulska genetika
U tri probanda s artrogripozom, bubrežnom disfunkcijom i kolestazom-2 (ARCS2) mapiran je VIPAR lokus na hromosomu 14, sekvenca q24.3 i u četiri dodatna probanda koji nisu imali mutacije u poznatom genu ARCS1, VPS33B), Cullinane et al. (2010) identificirali su homozigotnost ili složenu heterozigotnost za mutacije u genu VIPAR . Predviđeno je da će sve mutacije eliminirati normalnu proizvodnju proteina, zbog ranog prekidanja poruke i nonsens] posredovanog raspada iRNK ili zbog neuspjeha prevođenja; osim toga, sve mutacije su segregirane s bolestima u porodicama i nisu pronađene u najmanje 200 etnički podudarnih kontrolnih hromosoma.[9]
Reference
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000151445 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021038 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: VIPAS39 VPS33B interacting protein, apical-basolateral polarity regulator, spe-39 homolog".
- ^ Heilig, R., Eckenberg, R., Petit, J.-L., Fonknechten, N., Da Silva, C., Cattolico, L., Levy, M., Barbe, V., de Berardinis, V., Ureta-Vidal, A., Pelletier, E., Vico, V, and 87 others. The DNA sequence and analysis of human chromosome 14. Nature 421: 601-607, 2003. PubMed: 12508121
- ^ "UniProt, Q9H9C1". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ Zhu, G., Salazar, G., Zlatic, S. A., Fiza, B., Doucette, M. M., Heilman, C. J., Levey, A. I., Faundez, V., L'Hernault, S. W. SPE-39 family proteins interact with the HOPS complex and function in lysosomal delivery. Molec. Biol. Cell 20: 1223-1240, 2009. PubMed: 19109425
- ^ Cullinane, A. R., Straatman-Iwanowska, A., Zaucker, A., Wakabayashi, Y., Bruce, C. K., Luo, G., Rahman, F., Gurakan, F., Utine, E., Ozkan, T. B., Denecke, J., Vukovic, J., and 13 others. Mutations in VIPAR cause an arthrogryposis, renal dysfunction and cholestasis syndrome phenotype with defects in epithelial polarization. Nature Genet. 42: 303-312, 2010. Note: Erratum: Nature Genet. 43: 277 only, 2011. PubMed: 20190753
Vanjski linkovi
- Lokacija ljudskog genoma VIPAS39 i stranica sa detaljima o genu VIPAS39 u UCSC Genome Browseru.
Dopunska literatura
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Heilig R, Eckenberg R, Petit JL, et al. (2003). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 14". Nature. 421 (6923): 601–7. doi:10.1038/nature01348. PMID 12508121.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Ballif BA, Villén J, Beausoleil SA, et al. (2005). "Phosphoproteomic analysis of the developing mouse brain". Mol. Cell. Proteomics. 3 (11): 1093–101. doi:10.1074/mcp.M400085-MCP200. PMID 15345747.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Rush J, Moritz A, Lee KA, et al. (2005). "Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells". Nat. Biotechnol. 23 (1): 94–101. doi:10.1038/nbt1046. PMID 15592455.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.