HomoloGene
HomoloGene, alat Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), Sjedinjenih Država, sistem je za automatsko otkrivanje homologa (sličnosti koja se može pripisati podrijeklu od zajedničkog pretka) među označenim genima nekoliko potpuno sekvenciranih eukariotskih genoma.[1]
HomoloGene-ska obrada sastoji se od analize proteina iz ulaznih organizama. Sekvence se upoređuju pomoću BLAST-a, zatim se podudaraju i svrstavaju u grupe, koristeći taksonomsko stablo kreirano na temelju sličnosti sekvenci, gdje se prvo poklapaju srodniji organizmi, a zatim se na dodaju drugi. Poravnanja proteina mapiraju se natrag u njihove odgovarajuće sekvence DNK, a zatim se može izračunati metrika udaljenosti kao molekulske udaljenosti po modelu supstitucije (Jukes i Cantor, 1969), odnos Ka/Ks.
Sekvence se porede pomoću heurističkih algoritama za maksimiziranje rezultata globalno, a ne lokalno, u bipartitnom podudaranju . Zatim se izračunava statistički značaj svake komparacije. Sekvence se izrađuju po položaju i postavljaju se vrijednosti Ks kako bi se spriječilo grupiranje lažnih ortologa. „Paralozi“ se identificiraju pronalaženjem sekvenci koje su bliže datim vrstama od drugih vrsta.
Uključeni organizmi
Uključene baze podataka
- MGI: Projekt mišjeg genoma
- ZFIN: Mreža informacija o zebrici
- SGD: Baza podataka o genomu kvasaca
- COG: Baza podataka o klasterima ortolognih gena
- FlyBase:Baza podataka o genetici Drosophila melanogaster
- OMIM: Onlajn mendelovsko nasleđivanje kod čovjeka
Reference
- ^ "Home - HomoloGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. National Center for Biotechnology Information. Pristupljeno 16. 10. 2020.
Vanjski linkovi
- HomoloGene at the National Center for Biotechnology Information
- Bioinformatic Harvester[trajno mrtav link] - Bioinformatic Harvester, a meta search engine that uses Homologene
- OMIM
- ZFIN
- SGD
- COG
- FlyBase
- MGI
- Rat Genome Database
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.