TMEM69

TMEM69
Identifikatori
AliasiTMEM69
Vanjski ID-jeviMGI: 3045357 HomoloGene: 9531 GeneCards: TMEM69
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za TMEM69
Genomska lokacija za TMEM69
Bend1p34.1Početak45,688,181 bp[1]
Kraj45,694,436 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za TMEM69
Genomska lokacija za TMEM69
Bend4|4 D1Početak116,408,830 bp[2]
Kraj116,413,133 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

51249

230657

Ensembl

ENSG00000159596

ENSMUSG00000055900

UniProt

Q5SWH9

Q3KQJ0

RefSeq (mRNK)

NM_016486

NM_177670

RefSeq (bjelančevina)

NP_057570

NP_808338

Lokacija (UCSC)Chr 1: 45.69 – 45.69 MbChr 4: 116.41 – 116.41 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Transmembranski protein 69 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM69 sa hromosoma 1.[5] A notable feature of the protein encoded by TMEM69 is the presence of five transmembrane segments.[6]

Polazne informacije

Pristupni broj Lokacija Identifikatori M.W. pI
iRNK: NM_016486.3

protein: NP_057570.2 [5]

1p34.1 HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 27,6 kDa 10,3

Funkcija

Naučna zajednica još uvijek ne razumije tačnu funkciju TMEM69. Međutim, smatra se da ima ulogu proteina skele u kompleksu receptora prerađenog G-proteina u Xenopus tropicalis. Pokazalo se da formira klaster sa xtGPR54-2 genom IPP i GPBP1 u skeli_41.[7] Ovaj kompleks je dio G-protein spregnutog receptora koji djeluje kao receptor za vezivni ligand, kispeptin u plazmamembrani moždanih ćelija.[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 247 aminokiselina, a molekulska težina 27.551 Da.

1020304050
MLRFIQKFSQASSKILKYSFPVGLRTSRTDILSLKMSLQQNFSPCPRPWL
SSSFPAYMSKTQCYHTSPCSFKKQQKQALLARPSSTITYLTDSPKPALCV
TLAGLIPFVAPPLVMLMTKTYIPILAFTQMAYGASFLSFLGGIRWGFALP
EGSPAKPDYLNLASSAAPLFFSWFAFLISERLSEAIVTVIMGMGVAFHLE
LFLLPHYPNWFKALRIVVTLLATFSFIITLVVKSSFPEKGHKRPGQV

Protein

TMEM69 je dug 247 aminokiselina. Prisutno je pet transmembranskih segmenata, kao i domen nepoznate funkcije, DUF3429, koji obuhvata aminokiseline 91-232.[8]

Gen

Gen TMEM69, lociran na hromosomskoj regiji 1p34.1, pokrivajući 7,24 kb.[9] Nalazi se na plus lancu u genomskoj sekvenci od 46152886 do 46160121 i kodira primarni iRNK transkript koji sadrži tri egzona, a dužina je 6262 bp. Predviđeno je da gen TMEM69 kodira tri alternativna transkripta .[10]

Gensko susjedstvo

Gen Lokacija Orijentacija Funkcija
GPBP1L1 (GC-bogati promotor-vezijući protein 1-liki 1) 1p34.1 minus Regulacija tranakripcijw[11]
CCDC17 (Protein sa upredenom zavojnicom 17) 1p34.1 minus Bez informacuja funcionalnosti
MAST2 (Mikrotubulama pidružena serin/treonin kinaza 2) 1p34.1 plus Funkcije u multiproteinskom Kompleksu u sazrevanju spermatozoida. Regulira sintezu IL-12 izazvanu lipopolisaharidima u makrofagovima [12]||
[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3652 IPP (Unutarcisternski polipeptid promoviran česticama 1p34-p32 minus Interakcija sa aktinom[13]

Predviđena svojstva

Svojstva TMEM69 koja su predviđena pomoću bioinformatučkih alata:

Ekspresija

TMEM69 se eksprimira sveprisutno na niskim nivoima u cijelom ljudskom tijelu, iako podaci EST profila otkrivaju da je TMEM69 posebno izražen u neuroendokrinim tkivima kao što su jetra, amigdala, hipokampus i hipotalamus.[17] Utvrđeno je da je TMEM69 eksprimiran u vrijednostima nižim od normalnih kod pacijenata koji pate od ateroskleroze.[18]

Homologija

Ortolozi

Gen TMEM69 duboko je očuvan u nekoliko životnih oblika. Iako pokazuje najveću očuvanost među ortolozima sisavaca, zajedno s drugim hordati kao što su ribe, ptice i vodozemci, postoji određena očuvanost kod biljaka, insekata, gljiva i bakterija.[8]

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni brok Identitet sekvence Dužina (AA)
Macaca fascicularis Rakojedi makak EHH61428.1 89% 246
Callithrix jacchus Repati majmun XP_002750811.1 83% 249
Mus musculus Kućni miš AAI06179.1 69% 245
Xenopus tropicalis Afrička kandžasta žaba NP_001016103.1 49% 253
Rattus norvegicus Pacov EDL90276.1 70% 247
Oryctolagus cuniculus Kunić XP_002715715 74% 250
Anolis carolinensis Gušter XP_003220264.1 50% 257
Danio rerio Zebrica XP_685684.1 49% 249
Salmo salar Losos NP_001134056.1 50% 259
Daphia pulex Vodena buha EFX84634.1 35% 208
Ostreococcus tauri Zelena alga XP_003081614.1 34% 166
Pseudomonas putida W619 Zemna bakterija YP_001748891.1 32% 152
Schizophyllum commune Gljiva XP_003035659.1 27% 363

Paralozi

Nisu pronađeni paralozi za TMEM69.

Konzerviranost

TMEM69 je dobro konzerviran u različitim organizmima. Iako se većina ortologa nalazi kod placentnih sisara, neki ortolozi se nalaze u bakterijama i gljivama. Najudaljeniji ortolog za koji je utvrđeno da ima sličnost sekvence sa TMEM69 je Pseudomonas putida W619, koja je vrsta zemljišne bakterije.[19] Posebno dobro konzerviran čak i kod najudaljenijih ortologa, uključujući Pseudomonas putida W619, najveći je dio drugog transmembranski domen|transmembranskog segmenta]] TMEM69. U strogim ortolozima svih pet transmembranskih domena je očuvano.[20] Konzervirani domeni pronađeni unutar TMEM69, dio su DUF3429, porodice nekarakterističnih proteina pronađenih u bakterijama i eukariotima.[8]

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159596 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000055900 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b "Entrez Gene: TMEM69 Transmembrane Protein 69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
  6. ^ "Expasy: SOSUI". Arhivirano s originala, 15. 5. 2012. Pristupljeno 15. 4. 2012.
  7. ^ a b "Molecular Evolution of Multiple Forms of Kisspeptins and GPR54 Receptors in Vertebrates". Arhivirano s originala, 14. 4. 2013. Pristupljeno 22. 4. 2012.
  8. ^ a b c "BLAST". Pristupljeno 16. 2. 2012.
  9. ^ a b "TMEM69". Pristupljeno 2. 2. 2012.
  10. ^ "Transcript VariantsTMEM69". Arhivirano s originala, 3. 3. 2012. Pristupljeno 13. 2. 2012.
  11. ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  12. ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  13. ^ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  14. ^ "Computer pI/Mw". Arhivirano s originala, 28. 3. 2010. Pristupljeno 11. 4. 2012.
  15. ^ "NetPhos". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  16. ^ "UniProtKB". Pristupljeno 22. 2. 2012.
  17. ^ "GeneCards". Pristupljeno 18. 4. 2012.
  18. ^ "GEOProfiles". Pristupljeno 22. 2. 2012.
  19. ^ "Ensembl Genome Browser: TMEM69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
  20. ^ "Biology Workbench: CLUSTALW". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 22. 4. 2012.

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.