LSM4
LSm4 (engleski: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LSM4.[5][6][7]
Sm-oliki proteini identificirani su u različitim organizmima na osnovu homolognih sekvenci sa porodicom Sm-proteina (vidi SNRPD2; MIM 601061). Sm- slični proteini sadrže motiv sekvence Sm koji se sastoji od dvije regije odvojene linkerom promjenjive dužine koji se savija kao petlja. Smatra se da sm-oliki proteini tvore stabilni heteromer, prisutan u tri-snRNP česticama, koje su važne za preradu pre-iRNK (prema OMIMu).[7]
Kloniranje i ekspresija
U potrazi za ljudskim Sm-sličnim proteinima, Achsel et al. (1999) našli su da su frakcionirani proteini prisutni u pročišćenim (U4 / U6.U5) tri-snRNP-ima i izolirali 7 Sm-sličnih proteina, koje su nazvali LSm2-LSm8. Koristeći djelomičnu sekvencu peptida za pretraživanja baze podataka, identificirali su i sekvencirali EST klonove. Koristeći dodatnu sekvencu, dobijenu PCR amplifikacijom HeLa cDNK biblioteke, sastavili su sekvence cDNK pune dužine za LSM2-LSM8.
Salgado-Garrido et al. (1999) pretražili su sekvence baze podataka za Sm proteine i identificirali 16 potencijalnih gena povezanih sa Sm u kvascima, kao i neke gene povezane sa Sm kod ljud i Archaebacteria. Koristeći višestruko poravnanje Sm domena, izgradili su Sm i Sm filogenetsko stablo proteina kvasca, čovjeka i Archaea.
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLPLSLLKTA | QNHPMLVELK | NGETYNGHLV | SCDNWMNINL | REVICTSRDG | ||||
| DKFWRMPECY | IRGSTIKYLR | IPDEIIDMVK | EEVVAKGRGR | GGLQQQKQQK | ||||
| GRGMGGAGRG | VFGGRGRGGI | PGTGRGQPEK | KPGRQAGKQ |
Funkcija gena
Koristeći elektronsku mikroskopiju, Achsel et al. (1999) su primijetili da pročišćeni LSm proteini tvore heteromer koji je stabilan čak i u odsustvu RNK i pokazuje strukturu u obliku krofne sličnu strukturi RNP jezgra Sm. Pokazali su da se pročišćeni LSm heteromer specifično veže za U6 snRNK na svom U-traktu s tri glavna terminala. Oni su također pokazali da LSm proteini olakšavaju stvaranje U4 / U6 RNK dupleksa in vitro i zaključili su da LSm proteini mogu imati ulogu u stvaranju U4 / U6 snRNP.
Koristeći eksperimente imunoprecipitacije, Salgado-Garrido et al. (1999) zaključili su da u kvascu postoji kompleks od sedam Sm-sličnih proteina vezanih za RNK. Lsm2-Lsm8 koprecipitiraju U4, U5 i U6 snRNK i direktno se povezuju s U6 snRNK prisutnom u slobodnom U6 snRNP. Pored toga, utvrđeno je da su proteini kvasca Lsm2-Lsm7 povezani s pre-RNase P RNA, ali ne i sa zrelom RNase RNA. Koristeći eksperimente imunoprecipitacije iz ekstrakata ljudskih ćelija, Salgado-Garrido et al. (1999) pokazali su da su proteini LSM3 i LSM4 specifično povezani sa snRNP kompleksima, koji sadrže U6 snRNK. Zaključili su da se Sm i Sm-slični proteini okupljaju u najmanje dva funkcionalno konzervirana kompleksa dubokog evolucijskog porijekla.
Prekidajući Sm i Sm-slične gene u kvascu, također su zaključili su da su poremećaji gena koji kodiraju Sm-slične proteine direktno povezani sa U6 snRNK (Lsm2-8) stvorili varijabilne fenotipove. Lsm2, Lsm3, Lsm4 i Lsm8 su neophodni za vegetativni rast. Lsm5, Lsm6 i Lsm7 nisu bitni za rast; međutim, njihovi poremećaji dovode do usporenog rasta, posebno na povišenoj temperaturi. Nivoi U6 snRNK bili su snažno smanjeni u sojevima koji prekrivaju poremećaje Lsm5, Lsm6 i Lsm7. Lsm1 i Lsm9 su neophodni za vegetativni rast, ali Lsm1 je potreban za optimalan vegetativni rast na 30 stepeni i osjetljiv je na temperaturu.
Ingelfinger et al. (2002) utvrdili su da su ljudski LSM1 do LSM7, ali ne i LSM8, izraženi u HeLa ćelijama unutar citoplazmatskih žarišta. Žarišta su također sadržavala enzim za razgradnju (DCP1 / 2) i egzonukleazu XRN1. Koekspresija divljih i mutiranih LSM proteina, kao i prijenos energije fluorescentne rezonancije, ukazali su da LSM proteini tvore kompleks sličan onome koji se nalazi u kvascu. Zaključili su da žarišta sadrže djelimično ili potpuno sastavljene mehanizme za razgradnju iRNK.[8][9][10]
Reference
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000130520 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031848 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Salgado-Garrido J, Bragado-Nilsson E, Kandels-Lewis S, Seraphin B (Aug 1999). "Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin". EMBO J. 18 (12): 3451–62. doi:10.1093/emboj/18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684.
- ^ Achsel T, Brahms H, Kastner B, Bachi A, Wilm M, Luhrmann R (Dec 1999). "A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3'-end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro". EMBO J. 18 (20): 5789–802. doi:10.1093/emboj/18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320.
- ^ a b "Entrez Gene: LSM4 LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae)".
- ^ Achsel, T., Brahms, H., Kastner, B., Bachi, A., Wilm, M., Luhrmann, R. A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3-prime end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro. EMBO J. 18: 5789-5802, 1999. [PubMed]: 10523320
- ^ Ingelfinger, D., Arndt-Jovin, D. J., Luhrmann, R., Achsel, T. The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrn1 in distinct cytoplasmic foci. RNA 8: 1489-1501, 2002. [PubMed]: 12515382
- ^ Salgado-Garrido, J., Bragado-Nilsson, E., Kandels-Lewis, S., Seraphin, B. Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451-3462, 1999. [PubMed]: 10369684
Dopunska literatura
- Singer J, Roberts-Ems J, Luthardt FW, Riggs AD (1980). "Methylation of DNA in mouse early embryos, teratocarcinoma cells and adult tissues of mouse and rabbit". Nucleic Acids Res. 7 (8): 2369–85. doi:10.1093/nar/7.8.2369. PMC 342390. PMID 523320.
- Friesen WJ, Dreyfuss G (2000). "Specific sequences of the Sm and Sm-like (Lsm) proteins mediate their interaction with the spinal muscular atrophy disease gene product (SMN)". J. Biol. Chem. 275 (34): 26370–5. doi:10.1074/jbc.M003299200. PMID 10851237.
- Hu RM, Han ZG, Song HD, et al. (2000). "Gene expression profiling in the human hypothalamus-pituitary-adrenal axis and full-length cDNA cloning". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (17): 9543–8. Bibcode:2000PNAS...97.9543H. doi:10.1073/pnas.160270997. PMC 16901. PMID 10931946.
- Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC, et al. (2002). "Autoantibody to hLSm4 and the heptameric LSm complex in anti-Sm sera". Arthritis Rheum. 46 (3): 726–34. doi:10.1002/art.10220. PMID 11920408.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Lührmann R, Achsel T (2003). "The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrnl in distinct cytoplasmic foci". RNA. 8 (12): 1489–501. doi:10.1017/S1355838202021726 (neaktivno 11. 1. 2021). PMC 1370355. PMID 12515382.CS1 održavanje: DOI nije aktivan od 2021 (link)
- Lehner B, Sanderson CM (2004). "A Protein Interaction Framework for Human mRNA Degradation". Genome Res. 14 (7): 1315–23. doi:10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Fürst J, Schedlbauer A, Gandini R, et al. (2005). "ICln159 folds into a pleckstrin homology domain-like structure. Interaction with kinases and the splicing factor LSm4". J. Biol. Chem. 280 (35): 31276–82. doi:10.1074/jbc.M500541200. PMID 15905169.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005Natur.437.1173R. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Yang ZQ, Streicher KL, Ray ME, et al. (2007). "Multiple interacting oncogenes on the 8p11-p12 amplicon in human breast cancer". Cancer Res. 66 (24): 11632–43. doi:10.1158/0008-5472.CAN-06-2946. PMID 17178857.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.