LRRC40

LRRC40
Identifikatori
AliasiLRRC40
Vanjski ID-jeviMGI: 1914394 HomoloGene: 9825 GeneCards: LRRC40
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za LRRC40
Genomska lokacija za LRRC40
Bend1p31.1Početak70,144,805 bp[1]
Kraj70,205,579 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 3 (miš)
Hrom.Hromosom 3 (miš)[2]
Hromosom 3 (miš)
Genomska lokacija za LRRC40
Genomska lokacija za LRRC40
Bend3|3 H4Početak157,742,299 bp[2]
Kraj157,774,124 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

55631

67144

Ensembl

ENSG00000066557

ENSMUSG00000063052

UniProt

Q9H9A6

Q9CRC8

RefSeq (mRNK)

NM_017768

NM_001289524
NM_001289525
NM_024194
NM_001359763

RefSeq (bjelančevina)

NP_060238

NP_001276453
NP_001276454
NP_077156
NP_001346692

Lokacija (UCSC)Chr 1: 70.14 – 70.21 MbChr 3: 157.74 – 157.77 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

LRRIQ3 (Leucinom-bogarta ponavljanja sa IQ motivom 3), znan i kao LRRC44, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRIQ3 sa hromosoma 1. .[5] It is predominantly expressed in the testes, and is linked to a number of diseases.[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 624 aminokiseline, a molekulska težina 73.675 Da.[7]

1020304050
MFHGTVTEELTSHEEWSHYNENIREGQKDFVFVKFNGLHLKSMENLQSCI
SLRVCIFSNNFITDIHPLQSCIKLIKLDLHGNQIKSLPNTKFWNGLKNLK
LLYLHDNGFAKLKNICVLSACPTLIALTMFDCPVSLKKGYRHVLVNSIWP
LKALDHHVISDEEIIQNWHLPERFKACNHRLFFNFCPALRKGTTYEEEIN
NIKHITSKINAILAHNSPVLIVQRWIRGFLVRKNLSPVFFHKKKQQEKII
RGYEAKWIYITKGYEDKLLKDLFFKPETNIKGKLAYWKHNIYYPVDLKNS
SEHRKHVSSILCELKPKDLGMKSKTSRHLIQKGQESEDEIVDEKLDTSFR
ISVFKLPIYTSGSLKNNAVLREKKQHFFPAYPQPIYTTHPKPIIKKDIRL
ERSMKEFFAPQRAGMKLRTFSDIDKYYTEQKKQEYHKEKVRVVAMAQVAR
ERVRVAVNEHLNQKKYATQKLIEENKETIQNSLRQVWQNRFNYLEKARER
KALFLKEKSQKASERLLVQNLNNERTLLTRGLLKIDRLEKNEAVLKEKSL
IVKQKLKAEKYRKNLLKEMKKVRSQEIYKRHCEEKFVMDMIAFEKACERL
QDAKTKVAIVKTNLDFKVPNGLIK

Gen

Lokus

LRRIQ3 se nalazi na minus lancu kraja kratkog kraka ljudskog hromosoma 1 na sekvenci 1p31.1.[8]

Sveukupna struktura

U navodnoj sekvenci LRRIQ3 postoji ukupno sedam egzona.[8]

iRNK

Ekspresija

LRRIQ3 se eksprimira kao dvije primarne izoforme, koje proizvode proteine dužine 624, odnosno 464 aminokiseline.[8] It is expressed at low levels in human and brown rat tissues,[9][10] sa najvišim nivoima ekspresije u tkivu sjemenika. Postoje relativno visoki nivoi ekspresije u T-ćelijama, epididimisu, bubrezima i brojnim žlijezdama.[11]

Protein

Opća i kompoziciona svojstva

Izoforma 1 ljudskog proteina LRRIQ3 sastoji se od 624 aminokiseline i ima molekulsku težinu od 73,7 kDa. Izoelektrična tačka LRRIQ3 je 9,73, što sugerira da je LRRIQ3 bazna pri normalnom fiziološkom pH (~7,4).[12] Pored toga, postoje snažni dokazi da se ljudski LRRIQ3 nalazi na plazmamembrani obojenih antitijela.[13] LRRIQ3 je bogat lizinskom ostacima, sa ukupno 82 lizina. Ima nešto manje glicina.[14]

Domeni i motivi

Ukupno postoje četiri konzervirana domena unutar LRRIQ3: 3 ponavljanja bogata leucinom i jedan IQ kalmodulin-vezujući motiv.[14] Ponavljanja bogata leucinom obično su uključena u interakcije protein-protein i formiraju karakterističnu α/β potkovicu nabora.[15][16] IQ motiv omogućava mjesto vezanja za kalmodulin (CaM) ili proteine slične CaM-u.[17]

Sekundarna i tercijarna struktura

Predviđeno je da je LRRIQ3 uglavnom alfa-heliksna struktura, uključujući dugi alfa-heliksni C-terminalni domen. Također je predviđeno da funkcionira kao monomer.[18][19][20][21]

Najbolji model LRRIQ3, generiran preko I-TASSERa[22]. Tri ponavljanja bogata leucinom prikazana su u crvenoj, lososnoj i magenta boji. IQ domen koji veže kalmodulin prikazan je zelenom.

Posttranslacijske modifikacije

Predviđa se da će LRRIQ3 biti podvrgnut mnogim posttranslacionim modifikacijama. To uključuje O-GlcNAcilaciju, SUMOilacija, ubikvitinaciju i fosforilaciju.[23][24] LRRIQ3 is predicted to have 4 well conserved SUMOlyation sites and 1 well conserved ubiquitination site.[23] Prikaz ovih posttranslacijskih modifikacija je na donjoj slici.

Representacija domena, motiva i mjesta posttranslacijske modifikacije LRRIQ3, generirana pomoću DOG 2.0.[25]

Interakcije proteina

Postoje dokazi da LRRIQ3 stupa u interakciju s brojnim proteinima iz dvohibridni eseji i afinitetna hromatografija. Proteini sa kojima LRRIQ3 stupa u interakciju uključuju LYN, NCK2, GNB4 i ABL1.[26][27] Ovi proteini povezani su sa ćelijskom signalizacijom, reorganizacijom citoskeleta i ćelijskom diferencijacijom, kao i drugim pojavama.[28][29][30][31]

Homologija i evolucija

Paralozi i ortolozi

Kod ljudi ne postoji paralog za LRRIQ3.[6] Međutim, postoji veliki broj ortologa, kako navodi BLAST, od kojih su neki navedeni u nastavku.[32] Broj godina od divergencije od ljudskog proteina, naveden u "prije miliona godina" ispod, izračunat je pomoću TimeTree.[33]

Ortolozi ljudskog proteina LRRIQ3 (NP_001099129.1)
Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina) Pristupni broj Dužina sekvnce (aa) Identitget sekvence sa ljudskom (%) Sličnost sekvence sa ljudskom
Gorilla gorilla gorilla Gorila 9,06 XP_004026030.1 624 97% 98%
Macaca mulatta Rezus-makak 29,44 XP_001097148.2 623 93% 95%
Ursus maritimus Polarni medvjed 96 XP_008689049.1 625 76% 87%
Felis catus Domaća mačka 96 XP_003990274.1 625 74% 86%
Camelus ferus Baktrijska kamila 96 XP_006178380.1 618 73% 84%
Oryctolagus cuniculus Evropski kunić 90 XP_002715603.1 622 71% 83%
Bison bison bison Američki bizon 96 XP_010847739.1 625 70% 82%
Trichechus manatus latirostris Morska krava 105 XP_004369192.1 623 70% 82%
Loxodonta africana Afrički slon 105 XP_003411181.1 625 68% 80%
Condylura cristata Zvjezdonosa krtica 96 XP_004679575.1 627 67% 80%
Eptesicus fuscus Veliki smeđi šišmiš 96 XP_008137759.1 621 66% 80%
Myotis davidii Vesperov šišmiš 96 XP_006775977.1 618 65% 79%
Rattus norvegicus Norveški pacov 90 NP_001019478.1 633 62% 77%
Mus musculus Kućni miš 90 NP_083214.2 633 63% 76%
Sorex araneus Obična verirovka 96 XP_004603704.1 612 55% 73%
Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 312 XP_005285573.1 624 40% 56%
Pogona vitticeps Bradati zmaj (gušter) 312 XP_020650341.1 651 35% 54%
Astryx australis mantelli Smeđi kivi 312 XP_013800580.1 664 35% 54%
Struthio camelus australis Južna ostriga 312 XP_009685099.1 628 34% 51%

Klinički značaj

LRRIQ3 je povezan s brojnim tipovma raka. Eksperimenti RNK-seq pokazali su da je LRRIQ3 jako smanjeno reguliran (Log2 puta promjene između –3,4 i –4,2) u brojnim bolesnim stanjima, uključujući rak gušterače, kolorektumski rak i rak dojke.[34][35][36]

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000066557 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000063052 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "LRRIQ3 Gene - GeneCards".
  6. ^ a b "AceView entry on LRRIQ3".
  7. ^ "UniProt, A6PVS8" (jezik: eng.). Pristupljeno 30. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  8. ^ a b c "LRRIQ3 leucine rich repeats and IQ motif containing 3 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  9. ^ "Lrriq3 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  10. ^ "LRRIQ3 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  11. ^ "GDS3834 / 3169". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  12. ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  13. ^ "Cell atlas - LRRIQ3 - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Arhivirano s originala, 7. 5. 2018. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  14. ^ a b EMBL-EBI. "SAPS < Sequence Statistics < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  15. ^ Kobe B, Deisenhofer J (oktobar 1994). "The leucine-rich repeat: a versatile binding motif". Trends Biochem. Sci. 19 (10): 415–21. doi:10.1016/0968-0004(94)90090-6. ISSN 0968-0004. PMID 7817399.
  16. ^ Enkhbayar P, Kamiya M, Osaki M, Matsumoto T, Matsushima N (februar 2004). "Structural principles of leucine-rich repeat (LRR) proteins". Proteins. 54 (3): 394–403. doi:10.1002/prot.10605. ISSN 1097-0134. PMID 14747988. S2CID 19951452.
  17. ^ Rhoads AR, Friedberg F (april 1997). "Sequence motifs for calmodulin recognition". FASEB J. 11 (5): 331–40. doi:10.1096/fasebj.11.5.9141499. ISSN 0892-6638. PMID 9141499. S2CID 1877645.
  18. ^ Rost B (2001). "Review: protein secondary structure prediction continues to rise". J. Struct. Biol. 134 (2–3): 204–18. CiteSeerX 10.1.1.8.8169. doi:10.1006/jsbi.2001.4336. ISSN 1047-8477. PMID 11551180.
  19. ^ Ouali M, King RD (juni 2000). "Cascaded multiple classifiers for secondary structure prediction". Protein Sci. 9 (6): 1162–76. doi:10.1110/ps.9.6.1162. ISSN 0961-8368. PMC 2144653. PMID 10892809.
  20. ^ Cuff JA, Barton GJ (august 2000). "Application of multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction". Proteins. 40 (3): 502–11. doi:10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::AID-PROT170>3.0.CO;2-Q. ISSN 0887-3585. PMID 10861942.
  21. ^ Jones DT (septembar 1999). "Protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices". J. Mol. Biol. 292 (2): 195–202. doi:10.1006/jmbi.1999.3091. ISSN 0022-2836. PMID 10493868. S2CID 15506630.
  22. ^ Yang J, Yan R, Roy A, Xu D, Poisson J, Zhang Y (januar 2015). "The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction". Nat. Methods. 12 (1): 7–8. doi:10.1038/nmeth.3213. ISSN 1548-7091. PMC 4428668. PMID 25549265.
  23. ^ a b Pagni M, Ioannidis V, Cerutti L, Zahn-Zabal M, Jongeneel CV, Falquet L (juli 2004). "MyHits: a new interactive resource for protein annotation and domain identification". Nucleic Acids Res. 32 (Web Server issue): W332–5. doi:10.1093/nar/gkh479. ISSN 0305-1048. PMC 441617. PMID 15215405.
  24. ^ de Castro E, Sigrist CJ, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (juli 2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins". Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–5. doi:10.1093/nar/gkl124. ISSN 1362-4962. PMC 1538847. PMID 16845026.
  25. ^ Ren J, Wen L, Gao X, Jin C, Xue Y, Yao X (februar 2009). "DOG 1.0: illustrator of protein domain structures". Cell Res. 19 (2): 271–3. doi:10.1038/cr.2009.6. ISSN 1001-0602. PMID 19153597.
  26. ^ "Results - mentha: the interactome browser". mentha.uniroma2.it. Arhivirano s originala, 16. 4. 2018. Pristupljeno 30. 4. 2018.
  27. ^ "LRRIQ3 - Leucine-rich repeat and IQ domain-containing protein 3 - Homo sapiens (Human) - LRRIQ3 gene & protein". www.uniprot.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  28. ^ Harder KW, Parsons LM, Armes J, Evans N, Kountouri N, Clark R, Quilici C, Grail D, Hodgson GS, Dunn AR, Hibbs ML (oktobar 2001). "Gain- and loss-of-function Lyn mutant mice define a critical inhibitory role for Lyn in the myeloid lineage". Immunity. 15 (4): 603–15. doi:10.1016/s1074-7613(01)00208-4. ISSN 1074-7613. PMID 11672542.
  29. ^ Downes GB, Gautam N (decembar 1999). "The G protein subunit gene families". Genomics. 62 (3): 544–52. doi:10.1006/geno.1999.5992. ISSN 0888-7543. PMID 10644457.
  30. ^ Tu Y, Li F, Wu C (decembar 1998). "Nck-2, a novel Src homology2/3-containing adaptor protein that interacts with the LIM-only protein PINCH and components of growth factor receptor kinase-signaling pathways". Mol. Biol. Cell. 9 (12): 3367–82. doi:10.1091/mbc.9.12.3367. ISSN 1059-1524. PMC 25640. PMID 9843575.
  31. ^ Era T (juli 2002). "Bcr-Abl is a "molecular switch" for the decision for growth and differentiation in hematopoietic stem cells". Int. J. Hematol. 76 (1): 35–43. doi:10.1007/BF02982716. PMID 12138893. S2CID 10269867.
  32. ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (oktobar 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. ISSN 0022-2836. PMID 2231712.
  33. ^ "TimeTree :: The Timescale of Life". www.timetree.org. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  34. ^ "Tissue expression of LRRIQ3 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 6. 5. 2018.
  35. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Search results < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2018.
  36. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Experiment < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk (jezik: engleski). Pristupljeno 6. 5. 2018.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.