CNOT2

CNOT2
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

4C0D, 4C0F, 5FU6, 5FU7

Identifikatori
AliasiCNOT2
Vanjski ID-jeviOMIM: 604909 MGI: 1919318 HomoloGene: 40953 GeneCards: CNOT2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za CNOT2
Genomska lokacija za CNOT2
Bend12q15Početak70,243,002 bp[1]
Kraj70,354,993 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 10 (miš)
Hrom.Hromosom 10 (miš)[2]
Hromosom 10 (miš)
Genomska lokacija za CNOT2
Genomska lokacija za CNOT2
Bend10|10 D2Početak116,321,066 bp[2]
Kraj116,417,416 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• poly(A)-specific ribonuclease activity
• GO:0001104 transcription coregulator activity
• GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta• citoplazma
• membrana
• CCR4-NOT complex
• P-tijelo
• CCR4-NOT core complex
• jedro
• citosol
• ćelijska membrana
Biološki proces• nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening
• negative regulation of translation
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
• regulation of stem cell population maintenance
• GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
• transcription, DNA-templated
• multicellular organism development
• positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly
• trophectodermal cell differentiation
• Utišavanje gena
• negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway
• regulation of translation
• nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay
• DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest
• RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

4848

72068

Ensembl

ENSG00000111596

ENSMUSG00000020166

UniProt

Q9NZN8

Q8C5L3

RefSeq (mRNK)

NM_001199302
NM_001199303
NM_014515

NM_001037846
NM_001037847
NM_001037848
NM_028082
NM_001359247

NM_001359248
NM_001359249
NM_001359250
NM_001359251
NM_001359252
NM_001359253
NM_001359563

RefSeq (bjelančevina)

NP_001186231
NP_001186232
NP_055330

NP_001032935
NP_001032936
NP_001032937
NP_082358
NP_001346176

NP_001346177
NP_001346178
NP_001346179
NP_001346180
NP_001346181
NP_001346182
NP_001346492

Lokacija (UCSC)Chr 12: 70.24 – 70.35 MbChr 10: 116.32 – 116.42 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Podjedinica 2 CCR4-NOT transcripcijskog kompleksa je protein koji je kod ljudi kodiran genom CNOT2.[5][6] To je podjedinica ICCR4-Not kompleksa deadenilaze. Alesi et al. (2017) navode da se gen CNOT2 nalazi na u hromosomskom segmenti hromosoma 12, 15q15, a Uehara et (2019) navode da gen CNOT2 sadrži 21 egzon.[7][8]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 540 aminokiselina, a molekulska težina 59.738 Da.[9]

1020304050
MVRTDGHTLSEKRNYQVTNSMFGASRKKFVEGVDSDYHDENMYYSQSSMF
PHRSEKDMLASPSTSGQLSQFGASLYGQQSALGLPMRGMSNNTPQLNRSL
SQGTQLPSHVTPTTGVPTMSLHTPPSPSRGILPMNPRNMMNHSQVGQGIG
IPSRTNSMSSSGLGSPNRSSPSIICMPKQQPSRQPFTVNSMSGFGMNRNQ
AFGMNNSLSSNIFNGTDGSENVTGLDLSDFPALADRNRREGSGNPTPLIN
PLAGRAPYVGMVTKPANEQSQDFSIHNEDFPALPGSSYKDPTSSNDDSKS
NLNTSGKTTSSTDGPKFPGDKSSTTQNNNQQKKGIQVLPDGRVTNIPQGM
VTDQFGMIGLLTFIRAAETDPGMVHLALGSDLTTLGLNLNSPENLYPKFA
SPWASSPCRPQDIDFHVPSEYLTNIHIRDKLAAIKLGRYGEDLLFYLYYM
NGGDVLQLLAAVELFNRDWRYHKEERVWITRAPGMEPTMKTNTYERGTYY
FFDCLNWRKVAKEFHLEYDKLEERPHLPSTFNYNPAQQAF
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Proteinski kompleks kvasca CCR4-NOT globalni je regulator transkripcije RNK- polimeraze II. Sastoji se djelimično od CCR4, NOT1 do NOT5 i CAF1 (također se naziva i POP2). Pretražujući baze podataka o sekvencama, Albert et al (2000) identificirali su ljudske EST-ove koji kodiraju homologe kvasca NOT1, NOT2, NOT3, NOT4 i CAF1. Sastavili su ljudsku NOT2 cDNK koja sadrži kodirajuću sekvencu cijele dužine. Izvedeni ljudski NOT2 protein od 540 aminokiselina dijeli 26% ukupnog identiteta sekvence sa proteinom NOT2 kvasca od 191 aminokiseline. U usporedbi s kvascem NOT2, ljudski NOT2 ima N-terminalni nastavak. Ljudski NOT2 sadrži N-terminal navodno bipartitni signal jedarne lokalizacije. Koristeći 2-hibridni test kvasca, pokazali su da rekombinantni ljudski NOT2 može stupiti u interakciju s kvačevim NOT1 i N-terminalnim krnjim ljudskim proteinom NOT1. Nije značajno stupio u interakciju s ljudskim NOT3 ili kvaščevim CCR4.[10]

Northern blot analiza otkrila je transkript NOT2 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, kao što su mozak, srce, pluća, jetra, bubrezi, tankom i debelo crijevo, te slezena, timus, leukociti periferne krvi, skeletni mišići i posteljica. Poput ekspresije ljudskih NOT1, NOT3 i CALIF, NOT2 je imao visoku razinu u mozgu, bubrezima i posteljici, a vrlo nisku u skeletnim mišićima i debelom crijevu. Otkrili su da rekombinantni ljudski NOT2 ne može nadopuniti temperaturno osjetljivi fenotip, koji mu daje mutacija kvasca not2-1.

Funkcija gena

Sessions et al. (2009) identificirali su faktore domaćina insekata potrebne za razmnožavanje virusa denga, sprovođenjem skrininga interferencijske RNK za čitav genom, u ćelijama D. melanogaster, koristeći dobro uspostavljenu 22.632 dvolančanu RNK biblioteku. Ovaj pregled identificirao je 116 kandidatskih faktora domaćina virusa denga (DVHF). Iako su neki prethodno bili povezani s flavivirusima, većina DVHF-ova je nedavno umiješana u širenje virusa denga. DVHF-i dvokrilaca imali su 82 lahko prepoznatljiva ljudska homologa i, koristeći ciljani kratki skrining interferencijske RNK, pokazali su da su 42 ljudska DVHF-a. To uključuje NPR2, SEC61B, TMEM214, TAZ, EXDL2 i CNOT2. Zaključili su da ovo preklapanje ukazuje na značajno očuvanje potrebnih faktora između dvokrilca i ljudskih domaćina.[11]

Molekulska genetika

Kod 13-godišnjeg dječaka s poremećajem intelektualnog razvoja, s nazalnim govorom, dismorfnim licem i promjenjivim skeletnim anomalijama , Alesi et al (2019) identificirali su de novo heterozigotnu 85-kb intragenskuu deleciju unutar gena CNOT2. Delecija je pronađena analizom hromosomskih mikronizova. Ispitivanje ExAC baze podataka pokazalo je da se varijante gubitka funkcije u genu CNOT2 ne toleriraju. Iako funkcionalne studije varijanti i studije ćelija pacijenata nisu provedene, sugerirali su da je za fenotip odgovorna haploinsuficijencija CNOT2.[12]

Kod šestogodišnjeg japanskog dječaka sa IDNADFS-om, Uehara et al. (2019) identificirali su de novo heterozigotnu nonsens mutaciju u genu CNOT2 (K316X). Mutacija, koja je pronađena sekvenciranjem cijelog egzoma i potvrđena Sangerovim sekvenciranjem, nije pronađena u ExAC bazi podataka niti u 2.048 kontrolnih japanskih osoba. Funkcionalne studije varijante i studije ćelija pacijenata nisu provedene, ali predviđeno je da će varijanta rezultirati nonses mutacijom posredovanim raspadom iRNK i haploinsuficijencijom.

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000111596 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020166 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Albert TK, Lemaire M, van Berkum NL, Gentz R, Collart MA, Timmers HT (Mar 2000). "Isolation and characterization of human orthologs of yeast CCR4-NOT complex subunits". Nucleic Acids Res. 28 (3): 809–17. doi:10.1093/nar/28.3.809. PMC 102560. PMID 10637334.
  6. ^ "Entrez Gene: CNOT2 CCR4-NOT transcription complex, subunit 2".
  7. ^ Alesi, V., Loddo, S., Grispo, M., Riccio, S., Montella, A. C., Dallapiccola, B., Ulgheri, L., Novelli, A. Reassessment of the 12q15 deletion syndrome critical region. Europ. J. Med. Genet. 60: 220-223, 2017. PubMed: 28159701
  8. ^ Uehara, T., Tsuchihashi, T., Yamada, M., Suzuki, H., Takenouchi, T., Kosaki, K. CNOT2 haploinsufficiency causes a neurodevelopmental disorder with characteristic facial features. Am. J. Med. Genet. 179: 2506-2509, 2019. PubMed: 31512373
  9. ^ "UniProt, Q9NZN8". Pristupljeno 8. 8. 2021.
  10. ^ Albert, T. K., Lemaire, M., van Berkum, N. L., Gentz, R., Collart, M. A., Timmers, H. T. M. Isolation and characterization of human orthologs of yeast CCR4-NOT complex subunits. Nucleic Acids Res. 28: 809-817, 2000. PubMed: 10637334
  11. ^ Sessions, O. M., Barrows, N. J., Souza-Neto, J. A., Robinson, T. J., Hershey, C. L., Rodgers, M. A., Ramirez, J. L., Dimopoulos, G., Yang, P. L., Pearson, J. L., Garcia-Blanco, M. A. Discovery of insect and human dengue virus host factors. Nature 458: 1047-1050, 2009. PubMed: 19396146
  12. ^ Alesi, V., Loddo, S., Cali, F., Orlando, V., Genovese, S., Ferretti, D., Calacci, C., Calvieri, G., Falasca, R., Ulgheri, L., Drago, F., Dallapiccola, B., Baban, A., Novelli, A. A heterozygous, intragenic deletion of CNOT2 recapitulates the phenotype of 12q15 deletion syndrome. Am. J. Med. Genet. 179A: 1615-1621, 2019. PubMed: 31145527

Dopunska literatura

Vanjski linkovi

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.