Sejak adanya kereta api pertama di Jepang pada zaman Meiji hingga akhir Perang Dunia II, kereta api dan semua relnya dimiliki dan dioperasikan oleh Kementerian Kereta Api. Pemilikan dan pengoperasian kereta api kemudian dialihkan ke perusahaan negara Nippon Kokuyū Tetsudō disingkat Kokutetsu (Japanese National Railways) sebelum dilebur berdasarkan kebijakan swastanisasi perusahaan kereta api dan diteruskan oleh Japan Railways Group yang terdiri dari 7 perusahaan.
Selain dilayani Japan Railways Group (disingkat JR), jalur-jalur kereta api di daerah-daerah tertentu dilayani oleh perusahaan kereta api swasta. Kereta-kereta api swasta di wilayah metropolitan menghubungkan daerah pinggir kota dengan kota metropolitan. Di kota-kota kecil yang jauh dari kota besar, perusahaan berukuran kecil dan sedang mengoperasikan kereta api swasta yang berangkat dari stasiun milik JR ke stasiun milik sendiri, atau menghubungkan stasiun-stasiun milik JR yang tidak dilayani oleh kereta api yang dioperasikan JR.
Kota-kota besar di Jepang dilayani oleh kereta api bawah tanah yang dimiliki dan dioperasikan oleh perusahaan swasta dan perusahaan milik kota. Di daerah-daerah, perusahaan sektor ketiga (perusahaan yang tidak tergolong perusahaan negara atau perusahaan bisnis) mengoperasikan kereta api di jalur-jalur yang tidak lagi dilayani JR karena merugi.
Shinkansen adalah jalur untuk Kereta berkecepatan tinggi di Jepang. Shinkansen menghubungkan kota-kota besar di Jepang. Biasanya, Shinkansen beroperasi dengan kecepatan 200–320 km/jam. Saat ini, ada 7 jalur Shinkansen dan 2 jalur Mini-Shinkansen berikut dengan operatornya:
Kereta komuter di Jepang menghubungkan pinggiran kota dengan pusat kota, atau pedesaan dengan perkotaan. Jaringan kereta komuter di Jepang besar dan kompleks, hal ini terkadang menyebabkan kebingungan.
Kereta bawah tanah
Kereta bawah tanah di Jepang menghubungkan pinggiran kota dengan pusat kota, atau objek wisata dengan pusat kota. Sama seperti kereta komuter, jaringan kereta bawah tanah di Jepang besar dan kompleks.
Biasanya kereta monorel di Jepang mempunyai rute yang pendek dan menghubungkan kota, atau menghubungkan pusat kota dengan bandara.
Ketepatan Waktu
Transportasi berbasis rel di jepang adalah urutan No. 1 yang paling tepat waktu. Rata-rata pertahun tercatat hanya sekian detik. Dan jika kereta terlambat petugas akan memberikan surat keterangan terlambat kepada penumpang yang terlambat bekerja
