Merton belajar di Amerika Serikat dan Prancis sebelum masuk ke Sekolah Oakham di Inggris. Ayahnya adalah seorang seniman dari Selandia Baru dan ibunya, seorang Quaker, berasal dari Amerika Serikat. Ibunya meninggal ketika ia baru berusia enam tahun dan ayahnya saat ia berumur 16 tahun. Setelah tahun pertama yang kacau di Universitas Cambridge—dan saat itu ia mendapatkan anak di luar perkawinan—Merton pindah ke Amerika Serikat dan tinggal bersama kakek-neneknya. Lalu ia melanjutkan studinya dan mengambil gelar sarjana dan master di Universitas Columbia. Di sana ia berkenalan dengan sekelompok seniman dan penulis yang kelak menjadi sahabatnya seumur hidupnya.
(dengan rencana untuk menjadi seorang imam) di Gethsemani pada 10 Desember1941.
Pada tahun-tahun ia tinggal di Gethsemani (di sana ia didorong untuk menulis) Merton berubah dari seorang biarawan muda yang sangat bersemangat dalam memeriksa hidup batinnya seperti yang digambarkan dalam bukunya yang paling terkenal, otobiografinya The Seven Storey Mountain, menjadi seorang penulis dan penyair yang kontemplatif yang menjadi terkenal karena dialognya dengan iman-iman lain dan sikapnya yang anti-kekerasan pada masa kerusuhan antar-ras dan Perang Vietnam pada tahun 1960-an, dan akhirnya ia mencapai keheningan yang telah lama dirindukannya di sebuah pertapaan pada 1965. Pada tahun-tahun ini ia mengalami banyak sekali pertikaian dengan kepala biaranya karena ia dilarang keluar dari biara, mengimbangi reputasi internasionalnya dan korespondensinya yang sangat luas dengan banyak tokoh terkenal pada waktu itu.
Seorang kepala biara yang baru memberikan kepadanya kebebasan untuk melakukan perjalanan ke Asia pada akhir 1968. Dalam perjalanan itu ia mengalami pertemuan yang tak terlupakan dengan Dalai Lama di India. Ia juga berkunjung ke Polonnaruwa (yang saat itu dikenal sebagai Ceylon), dan mendapatkan suatu pengalaman keagamaan ketika ia menyaksikan patung-patung Sang Buddha yang sangat besar. Ada spekulasi bahwa Merton ingin menetap di Asia sebagai seorang pertapa. Namun ia meninggal di Bangkok pada 10 Desember1968, setelah ia menyentuh sebuah kipas angin listrik yang sangat buruk hubungan listriknya, ketika ia keluar dari kamar mandi. Jenazahnya diterbangkan ke Gethsemani dan di sana ia dikebumikan. Sejak kematiannya, pengaruhnya terus berkembang, dan ia dianggap oleh banyak orang sebagai mistik Amerika pada abad ke-20.
Merton melarang buku-bukunya diterbitkan sebelum lewat masa 25 tahun sesudah kematiannya. Setelah itu catatan-catatan hariannya diterbitkan.
Sebagai pengakuan terhadap hubungannya yang erat dengan Universitas Bellarmine, arsip-arsip Merton disimpan di tempat penyimpan resmi, yaitu Thomas Merton Center di kampus Bellarmine di Louisville, Kentucky. Penghargaan Thomas Merton, sebuah hadiah perdamaian, telah dianugerahkan sejak 1972 oleh "Pusat Thomas Merton untuk Perdamaian dan Keadilan Sosial" (Thomas Merton Center for Peace and Social Justice) di Pittsburgh, Pennsylvania, AS.
