1979; 45 tahun lalu (1979) (as NIAC Mitra) 1993; 31 tahun lalu (1993) (as Mitra Surabaya) 1999; 25 tahun lalu (1999) as (Mitra Kalteng Putra) 2003; 21 tahun lalu (2003) as (Mitra Kutai Kartanegara Football Club)
Pada tahun 2001, Mitra Kalteng Putra degradasi ke Divisi Dua Liga Indonesia. Kesulitan keuangan yang dialami Mitra Kalteng Putra dalam menjalani roda kompetisi akhirnya membuat klub ini kembali pindah markas ke Kabupaten Kutai Kartanegara pada tahun 2003 dengan status dipinjamkan.
Mitra Kalteng Putra kemudian berganti nama lagi menjadi Mitra Kukar saat menjalani kompetisi Divisi Dua Liga Indonesia musim 2003 hingga sukses menapak ke kompetisi Divisi Satu Liga Indonesia pada musim 2004. Status Mitra Kukar secara resmi menjadi milik Kutai Kartanegara setelah klub ini dibeli dari H. Sulaiman HB dengan harga Rp. 1,5 miliar pada tahun 2005.
Di musim 2007, Mitra Kukar berhasil lolos ke Divisi Utama Liga Indonesia musim 2008 setelah sukses menduduki posisi sebagai juara Grup IV sekaligus melaju babak semifinal Divisi Satu Liga Indonesia musim 2007. Namun, Mitra Kukar gagal melangkah ke babak final setelah kalah dari Persikad Depok melalui adu penalti.
Mitra Kukar untuk pertama kalinya mengarungi kompetisi Divisi Utama Liga Indonesia sejak musim 2008. Setelah 3 tahun berlaga di Divisi Utama, Mitra Kukar akhirnya menembus kasta tertinggi Liga Indonesia pada musim 2011/2012 setelah meraih predikat Juara III Divisi Utama Liga Indonesia 2010/2011.[3]
Saat ini, di turnamen Piala Bhayangkara 2016, Mitra Kukar terus berbenah diri. Mitra Kukar telah mempersiapkan 24 pemain. Setelah Romario dan Adriano dicoret, kembali mendatangkar pemain asal Brasil, yakni Marlon Da Silva De Moura. Ada pula Rodrigo Ost yang telah bergabung kembali dengan Mitra Kukar usai cederanya pulih. Di sini, Mitra Kukar juga mendaftarkan pemain lokal yang baru bergabung, yakni Anindito Wahyu Erminarno, Geri Mandagi, Arifki Eka Putra, Dian Irawan, Sutanto Tan, Joko Sidik, dan Rudi Widodo yang dipinjamkan dari Surabaya United. Mitra Kukar juga menunjuk Subangkit sebagai pelatih pengganti Jafri Sastra. Di turnamen ini, Mitra Kukar kembali tersingkir lebih awal. Kini, Mitra Kukar mempersiapkan diri untuk menghadapi kompetisi ISC A 2016.
Sampai sudah di kompetisi ISC A 2016. Mitra Kukar terus mempersiapkan diri menjelang kompetisi bergengsi tersebut. Mitra Kukar telah mendaftarkan 24 pemainnya. Disini ada beberapa wajah baru di Mitra Kukar, yakni Asri Akbar yang telah memutuskan hengkang dari klub lamanya Sriwijaya FC dan juga pemain Brasil berpaspor Timor Leste, yakni Alan Leandro Da Silva. Pertandingan pertama mereka adalah melawan Perseru Serui di Stadion Marora, Serui tanggal 2 Mei yang berkesudahan skor 0-0. Sampai pada pekan keempat ISC, striker mereka Alan Leandro Da Silva menjadi top skor sementara dengan mengoleksi 3 gol.
Skuat
Berikut pemain Mitra Kukar yang didaftarkan untuk mengikuti kompetisi Liga 2 2019.[4]
Per 5 Maret 2019.
Catatan: Bendera menunjukkan tim nasional sesuai dengan peraturan FIFA. Pemain dapat memiliki lebih dari satu kewarganegaraan non-FIFA.
