「南京虫」の「南京」とは、江戸時代には海外から伝わってきた小さいもの、珍しいものに付けられる名だった(他の用例として南京錠、南京豆などが挙げられる)[5]。この昆虫は海外からの荷物に付着して伝わってきたと考えられている(→#日本)。明治期は兵舎で発生したことから鎮台虫と呼ばれたほか、寝床で吸血被害を受けることから寝台虫や床虱とも呼ばれるようになった[6]。トコジラミという和名に関しては、単に英名 bed bug を訳したものとも[7]、中国・南京との関係がないことから南京虫の名称が不適切として、代わってそう呼ばれるようになったものとも言われる[8]。
トコジラミ科のDNAを分析した研究では、本種とネッタイトコジラミは約4700万年前、トコジラミ科は約1億1500万年前に出現したとする結果が出ている[84]。2017年に米国昆虫学会「Journal of Medical Entomology」に掲載された研究論文によると、アメリカ合衆国オレゴン州南部のペイズリー洞窟で見つかった5100年から1万1000年前の化石が世界最古のトコジラミ(厳密には近縁種)の化石とされている[85]。また、エジプトからは、トコジラミが少なくとも3500年前から人間の寄生虫として知られていたことを示唆する化石が発見されている[86]。数千年前にヨーロッパ、アジア、アフリカでヒトがコウモリと同じ洞穴に住むようになり、トコジラミやネッタイトコジラミもヒトを宿主にするようになったとされている[85]。
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