מבנה הטורניר שונה ממונדיאל 1994: מספר הנבחרות שהעפילו מטורניר המוקדמות הוגדל מ-24 ל-32, שחולקו לשמונה בתים עם ארבע נבחרות בכל בית. הראשונה והשנייה מכל בית עלו לשמינית הגמר, ומכאן והלאה התנהל הטורניר בשיטת נוק אאוט. בטורניר זה הונהגה צורת הכרעה חדשה בשלב הנוק אאוט, שנקראה "שער זהב", ולפיה כאשר הובקע שער בהארכה הסתיים המשחק באופן מיידי והנבחרת שכבשה הוכרזה כמנצחת.
במונדיאל זה עשו 5 נבחרות את הופעת הבכורה שלהן במונדיאל: ג'מייקה, דרום אפריקה, יפן, קרואטיה, ויוגוסלביה (אין מדובר בנבחרת יוגוסלביה "הגדולה" שפורקה בשנת 1992, אלא בנבחרת של הרפובליקות סרביה ומונטנגרו שהוסיפו להיות מאוחדות, והמשיכו להשתמש בשם יוגוסלביה עד שנת 2003, שבה החליפו את השם לסרביה ומונטנגרו, בו השתמשו עד לפירוק שתי המדינות ב-2006).
דאבור שוקר מנבחרת קרואטיה המפתיעה, שהגיעה למקום השלישי, זכה בתואר מלך השערים של הטורניר (נעל הזהב) לאחר שהבקיע 6 שערים. נבחרת אחרת שבלטה לטובה הייתה דנמרק, שבין היתר הביסה את ניגריה 1-4 בשמינית הגמר והודחה ברבע הגמר רק לאחר מאבק עיקש ורב שערים נגד ברזיל, שהסתיים בהפסד 3-2. גם הולנד היוותה גורם חשוב במונדיאל לראשונה מאז מונדיאל 1978, והודחה רק בחצי הגמר בבעיטות הכרעה נגד ברזיל. גרמניה המשיכה את הופעתה המאכזבת ממונדיאל 1994, ושוב הודחה ברבע הגמר. הפעם, באופן נדיר, הובסה ללא תנאי (3-0 נגד קרואטיה). באופן מפתיע, ספרד הודחה עוד בשלב הבתים.
חלוץ נבחרת ברזיל, רונאלדו, זכה בתואר השחקן המצטיין של הטורניר (כדור הזהב).
נבחרת ברזיל, כצפוי, סיימה את הבית כמובילה, למרות ההפסד 2-1 לנבחרת נורווגיה במחזור האחרון, משחק שהעלה את הנורווגים לשמינית הגמר. לפני ההפסד לנורווגיה ניצחו הברזילאים 1-2 את סקוטלנד, ו-0-3 את מרוקו. נבחרת מרוקו סיימה במקום השלישי, וזאת למרות הניצחון 0-3 על סקוטלנד, שסיימה במקום האחרון עם נקודה אחת בלבד.
צ'ילה הפתיעה לטובה במשחק הראשון, בו סיימה בתוצאה 2-2 עם איטליה (לאחר שהובילה 1-2 עד הדקה ה-85 מצמד של מרסלו סאלאס). בבית זה תיזכר נבחרת אוסטריה, שכבשה את כל 3 שעריה בתוספות הזמן של המשחקים (שער שוויון נגד קמרון בדקה ה-91, שוויון נגד צ'ילה בדקה ה-92 ושער מצמק נגד איטליה בדקה ה-92). נבחרת איטליה סיימה ראשונה, כאשר היא מנצחת 0-3 את קמרון ו-1-2 את אוסטריה. אל איטליה הצטרפה במקום השני נבחרת צ'ילה.
נבחרת ניגריה סיימה ראשונה בבית, זאת לאחר ניצחון מפתיע 2-3 על נבחרת ספרד, לאחר טעות של השוער הספרדי אנדוני זוביזארטה. ההפסד הביא להדחתה המפתיעה של נבחרת ספרד לאחר הסיבוב הראשון. אל ניגריה הצטרפה במקום השני פרגוואי. במקום האחרון בבית סיימה נבחרת בולגריה, מהמפתיעות במונדיאל הקודם, עם נקודה אחת בלבד.
נבחרת גרמניה סיימה ראשונה את הבית, זאת לאחר הפרש שערים עדיף על נבחרת יוגוסלביה, שהצטרפה אליה במקום השני עם אותו מאזן נקודות. במקום השלישי סיימה איראן, שאומנם הפסידה ליוגוסלביה וגרמניה, אך גברה על ארצות הברית, שהציגה יכולת חלשה, הפסידה בכל שלושת משחקיה וסיימה במקום האחרון בבית.
נבחרת ארגנטינה סיימה ראשונה את הבית, לאחר שניצחה את כל שלושת משחקיה. במקום השני הצטרפה אליה נבחרת קרואטיה המפתיעה. ג'מייקה ויפן (שהפסידה בכל שלושת משחקיה) הודחו מהטורניר הראשון שלהן במונדיאל כבר בשלב הבתים.
נבחרת איטליה גברה על נורווגיה. ברזיל ענתה על רף הציפיות והביסה את צ'ילה. נבחרת דנמרק, שהציגה יכולת בינונית בשלב הקודם, הרשימה כאשר הביסה את נבחרת ניגריה בתוצאה 1-4. שחקני פרגוואי החזיקו מעמד עד הדקה ה-113 מול המארחת, צרפת, אך הודחו לבסוף משער זהב שכבש לורן בלאן. ארגנטינה הדיחה את אנגליה לאחר דו-קרב בעיטות עונשין (והרחקה של דייוויד בקהאם). הולנד וגרמניה עברו לשלב הבא כאשר גברו על נבחרות יוגוסלביה ומקסיקו 1-2 בהתאמה. נבחרת קרואטיה גם עלתה כאשר גברה על רומניה 0-1.
קרואטיה הביסה באופן מפתיע את גרמניה בתוצאה 0-3, ועלתה לחצי הגמר. ברזיל גברה 2-3 על דנמרק מצמד של ריבאלדו בנוסף עלו: הולנד, שגברה 1-2 על ארגנטינה משער מרהיב של דניס ברגקאמפ בדקה ה-89, וצרפת, שגברה על נבחרת איטליה בדו-קרב בעיטות עונשין ועלתה גם היא לשלב חצי הגמר.
נבחרת צרפת הביסה במפתיע 0-3 את נבחרת ברזיל מצמד של זינאדין זידאן וזכתה לראשונה בתולדותיה בטורניר המונדיאל. רונאלדו, כוכב הנבחרת הברזילאית, עבר ככל הנראה התמוטטות עצבים לפני המשחק, ובמשחק עצמו נראה חלש וכבוי.