Anfangs zieht sie als Wohra in Richtung Süden nach Walburg, einem östlichen Stadtteil von Hessisch Lichtenau, das westlich des Hohen Meißners (753,6 m) liegt. Nach Durchfließen des Dorfs verläuft der nun Wehre genannte Bach nach Südosten und wird dabei südwestlich des Bergmassivs von der 530 m langen Wehretalbrücke der Bundesautobahn 44 überspannt und von der Bundesstraße 7 mal links, mal rechts begleitet. Danach fließt die Wehre – im Flussabschnitt zwischen Küchen (Ortsteil von Hessisch Lichtenau), Hasselbach und Harmuthsachsen (beides Ortsteile von Waldkappel) – entlang der B 7 durch den Südostteil des Geo-Naturparks Frau-Holle-Land. Anschließend verläuft sie durch den Waldkappeler Kernort, dann ostwärts entlang des Abschnittes Waldkappel–Wehretal der Kanonenbahn und durch den Waldkappeler Ortsteil Bischhausen.
Nach dem nördlichen Ortsende unterquert sie noch die Bundesstraße 249 und mündet dann bald auf rund 155 m[1] Höhe in den Weser-Quellfluss Werra; ihrer Mündung nördlich gegenüber liegt Jestädt, ein westlicher Gemeindeteil von Meinhard.
Einzugsgebiet, Zuflüsse und Seen
Zu den Zuflüssen und Seen der Wehre, deren Einzugsgebiet 451,703 km² groß ist, gehören flussabwärts aufgeführt mit orographischer Zuordnung (l = linksseitig, r = rechtsseitig), Gewässerlänge, Mündungsort mit Wehreflusskilometer und Einzugsgebiet, wo dort bekannt nach [2]/[1], sonst (mit „ca.“) abgemessen:
Entfließt dem Großen Exbergsee oder Epteroder See, etwas unter 10 ha.
Durchfließt den Kleinen Exbergsee oder Rommeroder See, etwas über 3 ha.