Stephan Wackwitz besuchte das Evangelisch-Theologische Seminar der Württembergischen Landeskirche in Schöntal und Urach. Er studierte Germanistik, Geschichte und Philosophie in München und Stuttgart und promovierte bei Heinz Schlaffer über Hölderlins Elegienwerk. Nach einer Zeit als Lektor am King’s College London arbeitete er seit 1986 in verschiedenen Funktionen für das Goethe-Institut, mit Stationen in Frankfurt am Main, New Delhi, Tokyo, München, Kraków, Bratislava, New York, Tbilissi und Minsk. Er lebt in Berlin.
Wackwitz‘ schriftstellerische Arbeiten sind – mit Ausnahme der Literatur- und Gesellschaftssatire Walkers Gleichung – essayistischer und autobiographischer Natur. Eine wichtige thematische Rolle spielen seine Familiengeschichte, sein – inzwischen als politischer Irrweg angesehenes – marxistisches Engagement im Marxistischen Studentenbund Spartakus während seiner Studienzeit – welches er im Buch Neue Menschen thematisiert – sowie seine beruflich bedingten Aufenthalte in verschiedenen Weltgegenden.
Wackwitz publiziert seit 1987 regelmäßig im Merkur, seit 2003 in der Neuen Rundschau, seit 2018 in Sinn und Form. Seine Literaturrezensionen erscheinen in verschiedenen deutschsprachigen Feuilletons. Sein literarisches Werk erscheint seit 2002 bei S. Fischer.