PRR9

PRR9
Identifikatori
AliasiPRR9
Vanjski ID-jeviMGI: 1925680 HomoloGene: 130379 GeneCards: PRR9
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za PRR9
Genomska lokacija za PRR9
Bend1q21.3Početak153,217,584 bp[1]
Kraj153,219,310 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 3 (miš)
Hrom.Hromosom 3 (miš)[2]
Hromosom 3 (miš)
Genomska lokacija za PRR9
Genomska lokacija za PRR9
Bend3|3 F1Početak92,029,511 bp[2]
Kraj92,031,254 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• structural molecule activity
Ćelijska komponenta• citoplazma
• cornified envelope
Biološki proces• GO:0051357, GO:0051358, GO:0051359 peptide cross-linking
• keratinocyte differentiation
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

574414

109314

Ensembl

ENSG00000203783

ENSMUSG00000056270

UniProt

Q5T870

Q8BV84

RefSeq (mRNK)

NM_001195571

NM_175424

RefSeq (bjelančevina)

NP_001182500

NP_780633

Lokacija (UCSC)Chr 1: 153.22 – 153.22 MbChr 3: 92.03 – 92.03 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Prolinom bogati protein 9 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom PRR9 sa hromosoma 1.[5]

Pregled

Cilj projekta Ontologija gena (GO) je da se na jedinstven način opiše funkcije genskih proizvoda iz organizama u svim carstvima života i na taj način omogući analiza genomskih podataka. Proteinske napomene su ili zasnovane na eksperimentima ili se predviđaju iz proteinskih sekvenci. Budući da većina sekvenci nije eksperimentalno okarakterizirana, većina dostupnih napomena mora biti zasnovana na predviđanjima. Da bi se izveli što precizniji zaključci, Referentni pojekt Genomskog konzorfcija (GO) koristi eksplicitni evolucijski okvir za zaključak o napomenama proteina iz širokog skupa genoma iz eksperimentalnih napomena na poluautomatiziran način.

Većina komponenti u procesu, kao što je odabir sekvenci, izgradnja višestrukih poravnanja sekvenci i filogenetskih stabala, dohvatanje eksperimentalnih napomena i deponovanje inferiranih napomena, potpuno su automatizirani. Međutim, najvažniji korak u tom procesu oslanja se na softverski potpomognuto kuriranje stručnog biologa. Ovaj alat za kuriranje, filogenetička anotacija i alat za inferencije (PAINT) pomaže kustosima da zaključuju napomene među članovima porodice proteina. PAINT omogućava kustosima da daju precizne tvrdnje o tome kada su funkcije stečene i izgubljene tokom evolucije i zabilježe dokaze (npr. eksperimentalno podržane GO napomene i filogenetske informacije, uključujući ortologiju) za te tvrdnje. U jednom članku iz opisani je kako se koristi PAINT da se zaključi stav o funkciji proteina u filogenetskom kontekstu, s naglaskom na njegove snage, ograničenja i smjernice. Također raspravljalo se o konkretnim primjerima koji pokazuju kako se napomene PAINT-a upoređuju s onima koje su generirane drugim visoko korištenim metodima, zasnovanim na homologiji.[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 116 aminokiselina, a molekulska težina Da. 12.904[7]

1020304050
MSFSEQQCKQPCVPPPCLPKTQEQCQAKAEEVCLPTCQHPCQDKCLVQAQ
EVCLSQCQESSQEKCPQQGQEPYLPPCQDQCPPQCAEPCQELFQTKCVEV
CPQKVQEKCSSPGKGK

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000203783 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000056270 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Proline rich 9". Pristupljeno 18. 7. 2016.
  6. ^ Pascale Gaudet, Michael S Livstone, Suzanna E Lewis, Paul D Thomas (2011): Phylogenetic-based propagation of functional annotations within the Gene Ontology consortium. Brief Bioinform, 12(5):449-62; pmid: 21873635; pmcid: pmc3178059; doi: 10.1093/bib/bbr042
  7. ^ "UniProt, Q5T870" (jezik: engleski). Pristupljeno 16. 12. 2021.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.