LRRC41

LRRC41
Identifikatori
AliasiLRRC41
Vanjski ID-jeviMGI: 2441984 HomoloGene: 4645 GeneCards: LRRC41
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za LRRC41
Genomska lokacija za LRRC41
Bend1p34.1-p33Početak46,261,196 bp[1]
Kraj46,303,616 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za LRRC41
Genomska lokacija za LRRC41
Bend4|4 D1Početak115,932,466 bp[2]
Kraj115,954,240 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• protein homodimerization activity
Ćelijska komponenta• membrana
• jedro
• citoplazma
• citosol
Biološki proces• protein ubiquitination
• Posttranslacione modifikacije
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

10489

230654

Ensembl

ENSG00000132128

ENSMUSG00000028703

UniProt

Q15345

Q8K1C9

RefSeq (mRNK)

NM_006369

NM_153521

RefSeq (bjelančevina)

NP_006360

NP_705741

Lokacija (UCSC)Chr 1: 46.26 – 46.3 MbChr 4: 115.93 – 115.95 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Leucinom bogati protein sa ponavljanjem 40 (LRRC40) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRC40 sa hromosoma 1.[5]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 602 aminokiseline, a molekulska težina 68.250 Da.[6]

1020304050
MSRLKRIAGQDLRAGFKAGGRDCGTSVPQGLLKAARKSGQLNLSGRNLSE
VPQCVWRINVDIPEEANQNLSFGATERWWEQTDLTKLIISNNKLQSLTDD
LRLLPALTVLDIHDNQLTSLPSAIRELENLQKLNVSHNKLKILPEEITNL
RNLKCLYLQHNELTCISEGFEQLSNLEDLDLSNNHLTTVPASFSSLSSLV
RLNLSSNELKSLPAEINRMKRLKHLDCNSNLLETIPPELAGMESLELLYL
RRNKLRFLPEFPSCSLLKELHVGENQIEMLEAEHLKHLNSILVLDLRDNK
LKSVPDEIILLRSLERLDLSNNDISSLPYSLGNLHLKFLALEGNPLRTIR
REIISKGTQEVLKYLRSKIKDDGPSQSESATETAMTLPSESRVNIHAIIT
LKILDYSDKQATLIPDEVFDAVKSNIVTSINFSKNQLCEIPKRMVELKEM
VSDVDLSFNKLSFISLELCVLQKLTFLDLRNNFLNSLPEEMESLVRLQTI
NLSFNRFKMLPEVLYRIFTLETILISNNQVGSVDPQKMKMMENLTTLDLQ
NNDLLQIPPELGNCVNLRTLLLDGNPFRVPRAAILMKGTAAILEYLRDRI
PT

Struktura proteina

sekundarna struktura proteina ima obrazac unutar regiona ponavljanja leucina. Svako ponavljanje leucina ima β-list i α-heliks. Slika desno pokazuje konkretnu strukturu proteina nalik potkovici, sa mnogo ponavljanja bogatih leucinom. Ovisno o području gdje se LRR nalaze, drugi proteini mogu se vezati unutar krivulje potkovice ili za vanjski dio proteina.

Gen

LRRC40 se nalazi na negativnom lancu DNK (vidi smislenost) hromosoma 1 između baznih parova 70,611.483 i 70,671.223.[7] Gen proizvodi iRNK sa 2.958 baznih parova. U ljudskom genu ima 15 predviđenih egzona [8] sa četiri druga obrasca prerade predviđena na GeneCards prema Alternative Splice Database.[9]

Gensko susjedstvo

LRRC40 je nizvodno susedan sa LRRC7 (70,225,888 - 70,587,570) na pozitivnom DNK lancu i uzvodno sa SRSF11 (70,687,320-70,716,488) na pozitivnom DNK lancu.

Ekspresija gena

LRRC40 je eksprimiran između 50. i 100. percentila u skoro svakom tkivu u tijelu.[10]

Protein

Iako tačna funkcija proteina LRRC40 još nije shvaćena, vjeruje se da učestvuje u interakcijama protein-protein jer je član porodice proteina leucinom bogata ponavljanja, za koje se zna da učestvuju u interakcijama protein-protein.[11]

Svojstva

LRRC40 je protein od 602 aminokiseline sa molekulskom težinom od 68,254 kDa i izoelektričnom tačkom od 6,04.[12] Očekuje se da se LRRC40 nalazi u ćelijskom jedru[13] i nema transmembranske domene da ga usidri za jedrovu membranu. LRRC40 ima mnogo predviđenih mjesta fosforilacije. Od 19 predviđenih fosfoserinskih lokacija, samo dvije su konzervirane unutar ortologa.[14] Ova dva mjesta S38 i S391.

Interakcije proteina

Prema Genecards-u, LRRC40 ima 756 mogućih interakcija proteina.[9] Ove interakcije su zasnovane na rezultatima u bazi podataka Molecular Interaction, koja pruža dvije moguće interakcije proteina. Dva proteina su opisana u tabeli ispod.

Skraćenica Protein Pristup bazi NCBI Ćelijska lokacija Funkcija
CDC5L Protein sličan proteinu 5 ciklusa ćelijske diobe NP_001244 Jedro regulacija transkripcije i prerada iRNK [15]
SNW1 Ski-interaktivni protein NP_036377.1 Jedro Prerada iRNK [16]

Distribucija po vrstama

LRRC40 je konzerviran kod svih svojih ortologa. Cijeli protein je visoko konzerviran kod sisara, dok je konzerviranost visoka unutar ponavljanja bogatih leucinom u ostatku ortologa.[17] Ortolozi su pronađeni sve do grimizne morske anemone i homolozi su pronađeni u bakterija i Archaea pomoću BLAST-a.[18] The following table gives information on the homologs of LRRC40.

Rod i vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina) [19] NCBI mRNA accession Sequence similarity [18] Dužina protena Uobičajeni naziv gena
Homo sapiens[8] Čovjek -- NM_017768 100% 602 LRRC40
Pan troglodytes[20] Obični čimpanza 6,4 XM_513483 99% 602 Hipotetski protein
Pongo abelii [21] Orangutan 15.8 NM_001131180 99% 602 LRRC40
Macaca fascicularis [22] Dugorepi makak-majmun 30,2 AB179219 99% 602 Puni LRRC40
Callithrix jacchus [23] Obični marmozet 43,9 XM_002750952.1 99% 602 Predviđeni: LRRC40
Sus scrofa [24] Divlja svinja 92,5 XM_003127928 96% 602 Predviđeni: LRRC40-liki protein
Mus musculus [25] Miš 94,1 NM_024194 92% 602 LRRC40
Monodelphis domestica [26] Oposum 160,2 XM_001379417 86% 598 Hipotetski protein
Gallus gallus [27] Kokoš 274,8 NM_001031295 85% 603 LRRC40
Taeniopygia guttata [28] Zebrasta zeba 274,8 XM_002188367 85% 605 Predviđeni: LRRC40
Xenopus (Silurana) tropicalis [29] Zapadna kandžasta žaba 389,7 NM_001011310 80% 605 LRRC40
Danio rerio [30] Zebrica 444,3 NM_199862 83% 601 LRRC40
Salmo salar [31] Losos 444,3 BT043621 82% 600 LRRC40
Nematostella vectensis [32] Grimizna morska anemona 830,3 XM_001640230 66% 602 Predviđeni protein
Culex quinquefasciatus [33] Južni kućni komarac 838,3 XM_001842697.1 58% 612 LRRC40

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000132128 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028703 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: leucine rich repeat containing 40".
  6. ^ "UniProt, Q9H9A6" (jezik: eng.). Pristupljeno 30. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  7. ^ "NCBI Gene: 55631".
  8. ^ a b "NCBI Nucleotide: NM_017768.4".
  9. ^ a b "GeneCards: LRRC40".
  10. ^ "GEO Profiles: LRRC40 GDS596".
  11. ^ Kobe B, Kajava AV (decembar 2001). "The leucine-rich repeat as a protein recognition motif". Curr. Opin. Struct. Biol. 11 (6): 725–32. doi:10.1016/S0959-440X(01)00266-4. PMID 11751054.
  12. ^ "ExPASy: Compute PI/Mw". Arhivirano s originala, 23. 7. 2003.
  13. ^ "PSORTII: Protein Localization Tool".[trajno mrtav link]
  14. ^ "NetPhos 2.0 Server: Phosphorylation Prediction".
  15. ^ "MINT: CDC5L". Arhivirano s originala, 18. 2. 2013.
  16. ^ "MINT: SNW1". Arhivirano s originala, 18. 2. 2013.
  17. ^ Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD (juli 2003). "Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs". Nucleic Acids Res. 31 (13): 3497–500. doi:10.1093/nar/gkg500. PMC 168907. PMID 12824352.
  18. ^ a b "NCBI BLAST".
  19. ^ "Time Tree".
  20. ^ "NCBI Nucleotide: XP_513483".
  21. ^ "NCBI Nucleotide: NM_001131180".
  22. ^ "NCBI Nucleotide: AB179219".
  23. ^ "NCBI Nucleotide: XM_002750952.1".
  24. ^ "NCBI Nucleotide: XM_003127928".
  25. ^ "NCBI Nucleotide: NM_024194".
  26. ^ "NCBI Nucleotide: XM_001379417".
  27. ^ "NCBI Nucleotide: NM_001031295".
  28. ^ "NCBI Nucleotide: XM_002188367".
  29. ^ "NCBI Nucleotide: NM_001011310".
  30. ^ "NCBI Nucleotide: NM_199862".
  31. ^ "NCBI Nucleotide: BT043621".
  32. ^ "NCBI Nucleotide: XM_001640230".
  33. ^ "NCBI Nucleotide: XM_001842697.1".

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.