FAM71B

FAM71B
Identifikatori
AliasiGARIN3
Vanjski ID-jeviMGI: 3650836 HomoloGene: 51067 GeneCards: GARIN3
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 5 (čovjek)
Hrom.Hromosom 5 (čovjek)[1]
Hromosom 5 (čovjek)
Genomska lokacija za FAM71B
Genomska lokacija za FAM71B
Bend5q33.3Početak157,161,846 bp[1]
Kraj157,166,264 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za FAM71B
Genomska lokacija za FAM71B
Bend11 B1.1|11Početak46,287,386 bp[2]
Kraj46,298,809 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

153745

432552

Ensembl

ENSG00000170613

ENSMUSG00000020401

UniProt

Q8TC56

Q5STT6

RefSeq (mRNK)

NM_130899

NM_001013783

RefSeq (bjelančevina)

NP_570969

NP_001013805

Lokacija (UCSC)Chr 5: 157.16 – 157.17 MbChr 11: 46.29 – 46.3 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Član B porodice sa sličnošću sekvence 71 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM71B.[5]

U jenom istraživanju iz 2004., kao osnovu za ljudski transkriptom i funkcionalnu genomiku, velika grupa autora kreirala je zbirku sekvenciranih ljudskih cDNK duž Japana. Utvrdili su potpunu sekvencu od 21.243 odabrana klona i otkrili da je 14.490 cDNK (10.897 klastera) jedinstveno za japansku kolekciju. Čini se da je otprilike polovica njih (5.416) bila kodirajuća sekvenca za proteine. Od toga 1.999 klastera nije predviđeno računarskim metodima. Distribucija GC sadržaja nepredviđenih cDNK imala je vrhunac od približno 58% u poređenju sa vrhom od približno 42% za predviđene cDNK. Stoga se čini da postoji mala pristranost prema transkriptima bogatim parom G C u postojećim postupcima predviđanja gena. Ostatak cDNK jedinstvenih za kolekciju (5.481) nije sadržavao očigledne otvorene okvire čitanja (ORF-ove), pa su stoga kandidatne nekodirajuće RNK. Otprilike jedna četvrtina njih (1.378) pokazala je jasan obrazac prerade. Distribucija GC sadržaja nekodirajućih cDNK bila je uska i imala je vrhunac od približno 42%, relativno nisko u poređenju sa distribucijom kodirajuće cDNK.[6]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 605 aminokiselina, а molekulska težina 64.756 Da.[7]

1020304050
MSNESCLPYYTAHSYSSMSAFKTSMGDLQRQLYNRGEYNIFKYAPMFESN
FIQINKKGEVIDVHNRVRMVTVGIVCTSPILPLPDVMVLAQPTKICEQHV
RWGRFAKGRGRRPVKTLELTRLLPLKFVKISIHDHEKQQLRLKLATGRTF
YLQLCPSSDTREDLFCYWEKLVYLLRPPVESYCSTPTLLSGDAPPEDNKS
LVAAELHREGDQSETGLYKPCDVSAATSSAYAGGEGIQHASHGTASAASP
STSTPGAAEGGAARTAGGMAVAGTATGPRTDVAIAGAAMSPATGAMSIAT
TKSAGPGQVTTALAGAAIKNPGENESSKSMAGAANISSEGISLALVGAAS
TSLEGTSTSMAGAASLSQDSSLSAAFAGSITTSKCAAERTEGPAVGPLIS
TLQSEGYMSERDGSQKVSQPSAEVWNENKERREKKDRHPSRKSSHHRKAG
ESHRRRAGDKNQKASSHRSASGHKNTRDDKKEKGYSNVRGKRHGSSRKSS
THSSTKKESRTTQELGKNQSASSTGALQKKASKISSFLRSLRATPGSKTR
VTSHDREVDIVAKMVEKQNIEAKVEKAQGGQELEMISGTMTSEKTEMIVF
ETKSI

Reference

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000170613 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020401 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Family with sequence similarity 71 member B". Pristupljeno 24. 4. 2016.
  6. ^ Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., Otsuki T., Sugiyama T., Irie R., Wakamatsu A., Hayashi K., Sato H., Nagai K., Kimura K., Makita H., Sekine M., Obayashi M., Nishi T., Shibahara T., Tanaka T., Ishii S., Yamamoto J., Saito K., Kawai Y., Isono Y., Nakamura Y., Nagahari K., Murakami K., Yasuda T., Iwayanagi T., Wagatsuma M., Shiratori A., Sudo H., Hosoiri T., Kaku Y., Kodaira H., Kondo H., Sugawara M., Takahashi M., Kanda K., Yokoi T., Furuya T., Kikkawa E., Omura Y., Abe K., Kamihara K., Katsuta N., Sato K., Tanikawa M., Yamazaki M., Ninomiya K., Ishibashi T., Yamashita H., Murakawa K., Fujimori K., Tanai H., Kimata M., Watanabe M., Hiraoka S., Chiba Y., Ishida S., Ono Y., Takiguchi S., Watanabe S., Yosida M., Hotuta T., Kusano J., Kanehori K., Takahashi-Fujii A., Hara H., Tanase T.-O., Nomura Y., Togiya S., Komai F., Hara R., Takeuchi K., Arita M., Imose N., Musashino K., Yuuki H., Oshima A., Sasaki N., Aotsuka S., Yoshikawa Y., Matsunawa H., Ichihara T., Shiohata N., Sano S., Moriya S., Momiyama H., Satoh N., Takami S., Terashima Y., Suzuki O., Nakagawa S., Senoh A., Mizoguchi H., Goto Y., Shimizu F., Wakebe H., Hishigaki H., Watanabe T., Sugiyama A., Takemoto M., Kawakami B., Yamazaki M., Watanabe K., Kumagai A., Itakura S., Fukuzumi Y., Fujimori Y., Komiyama M., Tashiro H., Tanigami A., Fujiwara T., Ono T., Yamada K., Fujii Y., Ozaki K., Hirao M., Ohmori Y., Kawabata A., Hikiji T., Kobatake N., Inagaki H., Ikema Y., Okamoto S., Okitani R., Kawakami T., Noguchi S., Itoh T., Shigeta K., Senba T., Matsumura K., Nakajima Y., Mizuno T., Morinaga M., Sasaki M., Togashi T., Oyama M., Hata H., Watanabe M., Komatsu T., Mizushima-Sugano J., Satoh T., Shirai Y., Takahashi Y., Nakagawa K., Okumura K., Nagase T., Nomura N., Kikuchi H., Masuho Y., Yamashita R., Nakai K., Yada T., Nakamura Y., Ohara O., Isogai T., Sugano S. (2004): Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. Nat Genet, 36 (1): 40-5; pmid: 14702039; doi: 10.1038/ng1285
  7. ^ "UniProt, Q8TC56" (jezik: engleski). Pristupljeno 15. 10. 2021.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.