Selama studinya, Wregas menghasilkan beberapa film pendek, antara lain Senyawa (2012), yang diambil dari film seluloid 16 mm.[4] Pada tahun 2013, ia lantas mengajukan diri untuk magang bersama Riri Riza, kemudian meminta portfolionya, dan ia lantas mengirimkan film-film pendeknya. Lalu, ia diterima magang sebagai asisten sutradara ketiga dalam film Sokola Rimba (2013). Pada tahun 2014, Wregas lulus dari Institut Kesenian Jakarta dengan tugas akhir, sebuah film pendek berjudul Lemantun (2014) tentang lemari warisan neneknya.[5]Lemantun meraih beberapa penghargaan film pendek terbaik, yaitu dalam Festival Film Pendek XXI 2015 dan Apresiasi Film Indonesia 2015.[6]
Pada 2015, film pendek Wregas berjudul Lembusura (2014), berkisar tentang letusan Gunung Kelud, masuk seleksi di Berlin International Film Festival ke-65 Tahun 2015, bersaing di bagian Berlinale Shorts Competition.[7][8] Wregas dinobatkan sebagai sutradara termuda di festival pada usia 22 tahun.[5] Setelah Berlin, dia membuat film pendek lagi berjudul The Floating Chopin (2015), interpretasi dari lagu Chopin Larung oleh band Guruh Gipsy (Guruh Soekarnoputra).[9]
Pada tahun 2016, Wregas bekerja sama dengan Studio Batu Yogyakarta menulis dan menyutradarai Prenjak (2016), sebuah kisah tentang seorang wanita yang menjual korek api di Yogyakarta. Prenjak terpilih dalam Semaine de la Critique ke-55, Festival Film Cannes 2016 dan dianugerahi Leica Cine Discovery Prize untuk film pendek.[10] Hal ini menjadikan Wregas sebagai sutradara Indonesia pertama yang menerima penghargaan di Festival Film Cannes.[11][12]
Pada tahun 2019, Wregas kembali membuat film pendek berjudul Tak Ada yang Gila di Kota Ini/No One Is Crazy In This Town (2019). Film tersebut terpilih untuk mengikuti kompetisi Wide Angle: Asian Short Film Competition sebagai bagian dari Festival Film Internasional Busan yang diadakan pada 3-12 Oktober 2019 di Busan, Korea Selatan. Film yang merupakan adaptasi dari cerita pendek dengan judul yang sama karya Eka Kurniawan, menceritakan kisah Marwan (diperankan oleh Oka Antara) yang diperintahkan untuk mengasingkan orang-orang dengan gangguan jiwa ke hutan.[13]
^ ab"Wregas Bhanuteja". Generation T. 12 December 2018. Diarsipkan dari versi asli tanggal 17 July 2020. Diakses tanggal 17 July 2020.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^"Lembusura". Berlinale.de. Diarsipkan dari versi asli tanggal 17 July 2020. Diakses tanggal 17 July 2020.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)