Menurut silsilah garis keturunan Suku Batak (tarombo), Raja Panjaitan adalah generasi ketujuh dari Siraja Batak dan anak pertama (sulung) dari Tuan Dibangarna.[1]
Dalam perkembangannya, Keturunan Raja Panjaitan mengklasifikasikan diri ke dalam empat kelompok:
Keturunan Raja Panjaitan memiliki hubungan erat dengan marga-marga keturunan Tuan Dibangarna lainnya; keempat marga tersebut (Panjaitan, Silitonga, Siagian, dan Sianipar) memegang teguh ikatan persaudaraan untuk tidak menikah antar satu dengan yang lain. Namun di beberapa daerah seperti Balige dan Sipahutar, ditemukan juga praktik dimana marga Panjaitan telah saling menikah dengan marga turunan Tuan Dibangarna lainnya dikarenakan keterbatasan marga-marga asing yang mendiami wilayah tersebut. Namun saat ini, praktik pernikahan antar sesama marga turunan Tuan Dibangarna tersebut sudah mulai ditinggalkan dan dianggap tabu.
Dikarenakan Raja Panjaitan merupakan anak sulung dari Tuan Dibangarna, maka marga Panjaitan juga dituakan diantara ketiga marga turunan Tuan Dibangarna lainnya. Oleh sebab itu sesuai dengan istiadat partuturan Batak Toba, seluruh keturunan dari ketiga marga tersebut harus memanggil abang/kakak ketika bertemu dengan marga Panjaitan tanpa memperhatikan usia.
Raja Panjaitan menikah dengan boru Hasibuan, oleh sebab itu Hulahula (mataniari binsar) dari seluruh marga Panjaitan adalah marga Hasibuan.
Padan
Keturunan Raja Panjaitan memiliki ikatan Padan (ikrar janji) dengan tiga marga, yaitu: Manullang, Sibuea, dan Sinambela. Keturunan Raja Panjaitan memegang teguh padan dengan tidak menikah kepada ketiga marga tersebut.
Tokoh
Beberapa tokoh yang bermarga Panjaitan, di antaranya adalah: