Sebanyak tiga puluh enam tim akan diundi menjadi sembilan grup yang terdiri dari empat orang untuk memainkan pertandingan kandang-tandang round-robin. Mereka termasuk dua puluh lima tim (tim peringkat 1–25 di daftar peserta AFC) yang menerima bye ke babak ini, dan sebelas pemenang dari babak pertama.
Pengundian untuk kualifikasi babak kedua dilaksankan pada 27 Juli 2023 di markas AFC di Kuala Lumpur, Malaysia.[4][5]
Posisi unggulan berdasarkan Peringkat Dunia FIFA per Juli 2023 (ditunjukkan dalam tanda kurung). Identitas para pemenang babak pertama tidak diketahui pada saat pengundian.
Catatan: Tim dengan cetak tebal melaju ke babak ketiga.
† Tim yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian. ‡ Tim yang dipindahkan ke Pot 3 setelah tim dari Pot 4 lainnya diundi; selanjutnya diundi secara acak dari Pot 3.
^Pertandingan Korea Utara melawan Jepang semula dijadwalkan dimainkan di Stadion Kim Il Sung, Pyongyang[6] Namun, Korea Utara kemudian menolak menyelenggarakan pertandingan karena khawatir akan adanya "penyakit menular yang ganas" dari Jepang.[7] Karena keterbatasan waktu dan ketidakmampuan Korea Utara untuk menyediakan tempat alternatif, FIFA kemudian memutuskan bahwa pertandingan ini tidak akan dimainkan atau dijadwalkan ulang, dan masalah ini akan diputuskan oleh Komite Disiplin FIFA.[8] Kemudian diumumkan bahwa Jepang diberikan kemenangan 3–0 atas pembatalan pertandingan.[9][10]
^ abcAfganistan akan memainkan pertandingan kandang mereka di tempat netral karena konflik Afganistan yang masih berlangsung.
^AFC mencantumkan waktu pertandingan dimulai pada pukul 19.02 karena alasan yang tidak diketahui.
^ abTuan rumah pertandingan antara Korea Utara dan Suriah ditukar pada 31 Oktober 2023. Meskipun belum ada penjelasan resmi yang diberikan, pertukaran pertandingan pada Juni 2024 menghilangkan kebutuhan kedua tim untuk melintasi benua antara dua pertandingan terakhir mereka.
^ abcSuriah memainkan pertandingan kandang mereka di tempat netral karena perang saudara Suriah yang sedang berlangsung.
^Pertandingan Korea Utara melawan Jepang semula dijadwalkan dimainkan di Stadion Kim Il Sung, Pyongyang[6] Namun, Korea Utara kemudian menolak menyelenggarakan pertandingan karena khawatir akan adanya "penyakit menular yang ganas" dari Jepang.[7] Karena keterbatasan waktu dan ketidakmampuan Korea Utara untuk menyediakan tempat alternatif, FIFA kemudian memutuskan bahwa pertandingan ini tidak akan dimainkan atau dijadwalkan ulang, dan masalah ini akan diputuskan oleh Komite Disiplin FIFA.[8] Kemudian diumumkan bahwa Jepang diberikan kemenangan 3–0 atas pembatalan pertandingan.[9][10]
^ abSetelah insiden penolakan Korea Utara menjadi tuan rumah pertandingan melawan Jepang, atas permintaan Suriah, Korea Utara memainkan dua pertandingan kandang tersisa pada tempat netral.[11]
^ abIndonesia dan Filipina bertukar jadwal kandang karena Indonesia ditunjuk menjadi tuan rumah Piala Dunia U-17 FIFA 2023. Perubahan tersebut dikonfirmasi pada 31 Oktober 2023 oleh FIFA.[12]
^ abcYaman memainkan pertandingan kandangnya di tempat netral karena perang saudara Yaman yang saat ini sedang berlangsung.
^ abNepal memainkan pertandingan kandang di tempat netral karena stadion kandang Dasharath Rangasala gagal memenuhi standar FIFA.[13]
^ abLebanon akan memainkan pertandingan kandang mereka di tempat netral hingga pemberitahuan lebih lanjut, karena berada di dekat lokasi perang Israel–Hamas.[14]
^ abcPalestina akan memainkan pertandingan kandang mereka di tempat netral hingga pemberitahuan lebih lanjut, karena perang Israel–Hamas yang sedang berlangsung.[15]
^ abBangladesh semula dijadwalkan menjamu Palestina pada 21 Maret 2024 dan Palestina semula akan menjadi tuan rumah pertandingan balasan pada 26 Maret. Namun, urutan pertadingan kemudian dibalik sehingga Palestina akan menjadi tuan rumah pada 21 Maret, sementara Bangladesh akan menjadi tuan rumah pada pertandingan balasan pada 26 Maret, yang dapat menyebabkan konflik jadwal karena Kuwait juga akan menjadi tuan rumah pertandingan melawan Qatar pada hari yang sama.[16]
^Lebanon akan memainkan pertandingan kandang ini di Australia, setelah mendapat persetujuan dari AFC, karena perang Israel–Hamas yang sedang berlangsung.[17]
