Kapal bendera (atau kapal panji) adalah kapal yang digunakan oleh opsir komandan dari sekelompok kapal angkatan laut.[1]
Istilah ini sendiri berasal dari kebiasaan seorang perwira yang memasang "bendera" dengan ciri khasnya sendiri pada kapalnya, sehingga terlihat berbeda dan menonjol.
Seiring berjalannya waktu, kapal bendera merujuk pada kapal utama/pemimpin dalam suatu armada kapal. Biasanya dipakai kepada kapal yang pertama, terbesar, tercepat, paling bersenjata, atau yang paling dikenal.