Kabupaten Boven Digoel dari awal berdirinya hingga saat ini sudah pernah dipimpin oleh beberapa bupati. Saat ini Bupati Boven Digoel dijabat oleh Hengky Yaluwo yang mulai menjabat sejak 13 Oktober 2021, dan wakil bupati dijabat oleh Lexi Romel Wagiu.
Daftar Bupati
Berikut ini adalah Bupati Boven Digoel dari masa ke masa.