Петер Пекарик розпочав свої футбольні кроки в місцевій команді села-обци Нижній Грічов, Жилінської окреси, неподалік самої Жиліни але заради професійного футболу перейшов до юнацьких команд крайового центру, згодом він спробував свої сили в «ЗТС Дубниця», де його помітили футбольні фахівці, і з 2005 року він дебютував за команду «Жиліна (футбольний клуб)», за яку він провів 3 сезони. Закріпившись в основі команди він успішно грав в Цоргонь лізі, провівши 111 ігор і забивши 5 голів, а в сезоні 2007—2008 виборов золоті нагороди. Наприкінці 2008 року він підписав попередній контракт з командою Бундесліги, а вже з січня 2009 року він став повноцінним гравцем команди «Вольфсбург», більше того, в цьому ж сезоні він здобув разом з командою став чемпіоном німецької футбольної ліги та провів за команду 16 ігор.
