Eitner studerte i Breslau, men konsentrerte seg framfor alt om selvstudier av musikk. I 1853 slo han seg ned i Berlin hvor han blant annet opptrådte som pianist og skrev klaverstykker og lieder. Han åpnet en musikkskole i 1863, men historikkstudier tok stadig mer av tiden og lærervirksomheten ble tonet ned. I 1868 var han delaktig opprettelsen av Gesellschaft für Musikforschung og var redaktør av selskapets Monatshefte für Musikgeschichte (1869–1904). Han sto også bak en rekke musikkbiografier og et musikkleksikon over nederlandske komponister. Eitner bidro til 399 artikler i Allgemeine Deutsche Biographie (ADB), nesten alle om musikere.
I 1882 slo han seg ned i Templin (Uckermark/Brandenburg) og bodde der resten av livet.
