Den russisk-ortodokse kirke er organisert i 158 eparkier (bispedømmer) og sju mer eller mindre selvstendige delkirker. De fleste eparkiene ligger i Russland. De selvstendige delkirkene befinner seg enten i land som har vært under russisk styre, eller der russiske misjonærer har vært aktive.
Eparkier i Russland
Russland er (per 2012) delt i 136 eparkier. 30 av disse ledes av metropolitter, som er overordnet eparkene (biskopene) i sine respektive metropolitandistrikter (kirkeprovinser). 89 av eparkiene er således gruppert i disse 30 metropolitandistriktene (metropolitansetene er fremhevet i halvfeit):
I noen land eksisterer russisk-ortodokse menigheter, men for få til at de har blitt sammenfattet til eparkier. Disse menighetene er stavropegiale, dvs. direkte underlagt patriarken. Dette er bl.a. tilfellet for:
I tillegg kommer en rekke stavropegiale klostre, både i Russland (f.eks. Solovkiklosteret, Valamoklosteret) og utlandet (f.eks. Pühtitsaklosteret i Estland). Også disse ligger direkte under patriarken av Moskva.
Selvstyrte og autonome delkirker
De følgende ortodokse kirkene har ulik grad av selvstyre innenfor den russisk-ortodokse kirka:
Selvstendigheten øker i rekkefølgen eksarkat–selvstyrt–autonom. Autonome kirker er helt uavhengige i alle åndelige og administrative spørsmål, bortsett fra at kirkenes overhoder må godkjennes og innsettes av patriarken av Moskva.