Dette samarbeidet varte i rundt fire år og påførte flyselskapet tap på over 24 milliarder tanzanianske shilling (tilsvarende 19 millioner amerikanske dollar eller 114 millioner norske kroner med daværende kurs). Den tanzanianske staten kjøpte tilbake aksjene fra South African Airways i 2006, og i dag er Air Tanzania igjen et heleid statlig aksjeselskap. Flyselskapet har opp gjennom årene betjent en rekke flyvninger innenlands i Tanzania samt til regionale og interkontinentale destinasjoner. Markedsandelen til Air Tanzania har falt dramatisk i løpet av de siste årene, fra beskjedne 19,2% i 2009 til 0,4% i 2011, til tross for at det har status som et nasjonalt flyselskap.[2]
1. mars 2010: Et Air Tanzania-fly av typen Boeing 737-200 (5H-MVZ) skled av den våte rullebanen under et landingsforsøk på Mwanza lufthavn. Nesehjulet kollapset etter landing og flyet fikk påført strukturelle skader i skroget og høyre motor, men det ble ikke meldt om noen skadde etter hendelsen.[4] Skadene på flyet viste seg å være så omfattende at det ikke ble ansett som hensiktsmessig å utbedre dem, og flyet ble derfor avskrevet og lagret i Mwanza, i påvente av oppfyllelse av en fordring mot flyselskapets forsikringsgiver.[5]
8. april 2012: En de Havilland Canada DHC-8-311Q-maskin (5H-MWG) tilhørende Air Tanzania styrtet under et forsøk på å ta av fra Kigoma lufthavn. Ingen av de 39 personene om bord kom til skade, men flyet ble påført store materielle og uopprettelige skader.[6][7]
