Titelverdedigster Mary Pierce was het zesde reekshoofd. Zij bereikte de kwartfinale – daarin werd zij uitgeschakeld door de latere winnares.
Het tweede reekshoofd, Maria Sjarapova uit Rusland, won het toernooi. In de finale versloeg zij de als eerste geplaatste Belgische Kim Clijsters in twee sets. Sjarapova wist voor het eerst in haar carrière het toernooi van San Diego op haar naam te schrijven. Het was haar twaalfde WTA-titel, de tweede van 2006.
Van de titelhoudsters Conchita Martínez en Virginia Ruano Pascual had de eerste haar professionele loopbaan beëindigd – zij kreeg op dinsdagavond 1 augustus een feestelijke ceremonie om haar afscheid te vieren.[1] Ruano Pascual speelde samen met Paola Suárez – zij waren als zesde geplaatst en bereikten de kwartfinale, waarin zij werden uitgeschakeld door de latere winnaressen.
Het als tweede geplaatste duo Cara Black en Rennae Stubbs won het toernooi. In de finale versloegen zij het als vierde geplaatste koppel Anna-Lena Grönefeld en Meghann Shaughnessy in twee sets. Het was hun tiende gezamenlijke titel. De Zimbabwaanse Black had daarnaast zestien eerdere dubbelspeltitels met andere partners; de Australische Stubbs 44.