2000년 2차 2라운드 지명을 받고 입단하였다. 2004년부터 본격적으로 1군에서 활동했다. 2008년 시즌 113경기에 출장해 2할대 타율, 1홈런, 36타점, 47득점, 16도루를 기록하며 데뷔 후 최고의 활약을 펼쳤고, 박계원 이후 14년 만에 팀 소속 선수로써 유격수 부문 골든 글러브를 수상했다.[1] 2006년 도하 아시안 게임에서는 동메달에 그쳤고, 2008년 베이징 올림픽은 출전하지 못했다. 2009년에 WBC에 참가해 박진만을 대신해 주전 유격수로 활약했으나 병역 특례를 받지 못했다. 2010년에는 시범 경기에서 좋은 모습을 보였으나 시즌 개막 후 무릎 부상과 경기력 저하로 강정호, 손시헌에게 밀려 2010년 광저우 아시안 게임 엔트리에 들지 못했다. 시즌 후 입대를 1주 앞두고 음주 운전으로 물의를 일으켜 2010년 11월 15일에 공익근무요원으로 입소해 2012년에 소집 해제됐다. 2013년에 복귀한 뒤 문규현을 밀어내고 주전으로 자리잡으려 했으나 부상으로 인해 신본기에게 밀렸다.
2014년 11월 26일 FA 우선 협상 마지막 날 3년 10억의 제시액을 거절하며 팀을 떠났다.[2]