עיקר עיסוקו הוא בהיסטוריה הפוליטית בת-זמננו של המזרח התיכון, תוך התמקדות ביחסי ישראל–ערב, במערכת היחסים הבין-ערבית ובמדיניות המעצמות באזור ויחסי הגומלין ביניהן.[2]
מחקריו
בשנות ה-80 חקר שיפטן את יחסי ישראל, הפלסטינים ועבר הירדן,[7] ובעקבות המחקר הוציא את ספרו, "האופציה הירדנית".[8] שיפטן הדגיש את החשיבות של הבנת האופי הערבי בהבנת המזרח התיכון. הוא אמר[9]:
צריך להבין תחילה איך הערבים מתייחסים זה לזה... כלל הוא בעולם הערבי: לא סופרים את המתים, כי לא אכפת להם. כולם שוחטים את כולם. אם אתה חלש, ישחטו אותך. ואם הם שוחטים זה את זה, איך אתם מצפים שיתייחסו לישראל?... במזרח התיכון אתה לא סומך אפילו על אמא שלך.
בספרו "כורח ההפרדה" (1999) הסביר מדוע על ישראל לסגת מרוב שטחי יהודה ושומרון, כשהיא שומרת לעצמה את הזכות לפעול צבאית כדי למנוע התפתחותו והתחזקותו של כוח צבאי פלסטיני שעלול לפגוע בישראל באופן משמעותי.
שיפטן חוזר על תפיסות אלו גם בשנים האחרונות, וביתר שאת לאחר מלחמת חרבות ברזל. לשיטתו, אין שום סיכוי ל"פתרון" הבעיה הפלסטינית ("פתרונות יש לתשבצים בלבד" הוא נוהג לומר), מהסיבה הפשוטה שמדובר בקווים מקבילים: התרבות היהודית-ציונית היא יצרנית, קונסטרוקטיבית, מוכנה לפשרה למען השגת יעדים מועדפים, והיא מבוססת על ערכים של לקיחת אחריות. היפוכו של דבר לגבי הלאומיות הפלסטינית שהיא כדבריו "חולה וברברית".[10] בהמשך ישיר לתמונת עולם זו, נוהג שיפטן למתוח ביקורת חריפה מאוד על "הפרזיטיות" של המגזר החרדי בישראל, מזהיר מפני האפשרות שישראל היצרנית לא תוכל עוד לשאת על גבה את המגזר הזה, ומזכיר את סבו, יהודי שומר מצוות, שעל מצבתו הקפיד לכתוב שהוא מעולם לא נזקק לבריות.[11]
שיפטן מרבה להופיע בשלל ערוצי שידור, בעברית ובאנגלית.
