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Le terrain est acquis, au nom des Eudistes, le par Pierre-Maris de La Motte, évêque de Béryte, à l'emplacement d'un ancien couvent d'Annonciades. Il ouvre le .
La chapelle Saint-Marc ou du Clos Saint-Marc est réunie au séminaire vers 1693. La chapelle du Séminaire, dédiée à la Vierge, est construite à partir de 1765[2].
Les bâtiments ont servi de prison pour les prêtres insermentés[4] qui étaient envoyés à Rochefort[5]. Vendus, ils ont servi d'établissements industriels. Acquis en 1871 par la ville de Rouen pour devenir une école de commerce, l'ancien séminaire devient à la fin du XIXe siècle la caserne Philippon.
En 2018, les militaires quittent le lieu et l'ancienne caserne est tranformée en résidence pour personnes agées, ouverte en 2023[6].
↑Jacques-Guillaume-François Colas, prêtre insermenté âgé de 34 ans, est arrêté à Rouen en 1793, condamné à la déportation, détenu au séminaire Saint-Vivien changé en prison, envoyé à Rochefort le 21 mars 1794 et embarqué sur le navire les Deux-Associés où il meurt le 8 septembre suivant. Léopold-Ferdinand-Désiré Riel, Inventaire historique des actes transcrits aux registes des insinuations, 1895, registre XXXVII, page 409, note 1.
François Lemoine et Jacques Tanguy, Rouen aux 100 clochers : Dictionnaire des églises et chapelles de Rouen (avant 1789), Rouen, PTC, , 200 p. (ISBN2-906258-84-9, OCLC496646300, lire en ligne)