Aunque la secuencia de hechos que los autores describen están asumidos por la comunidad científica, hay un debate sobre su condición catastrófica (magnitud y celeridad —supuestamente, el hecho se habría producido en el transcurso de unas pocas semanas—), así como en su datación. Se han propuesto dos hipótesis alternativas: una gradualista y otra cíclica.[3] Esta última especifica que en los últimos treinta mil años se han producido intermitentemente aislamientos y contactos entre el mar Negro y el Egeo a una escala de magnitud relativamente pequeña, sin necesidad de acontecimientos catastróficos que «rellenaran» la cuenca.
Una expedición llevada a cabo en 1999 por el investigador submarino Robert Ballard recogió muestras de moluscos de agua dulce y de otras pruebas de la existencia de una línea costera del supuesto mar interior, actualmente bajo la superficie del mar Negro.[4] Ballard seguía investigando en la zona en 2012.[5]
Yanko-Hombach, Valentina. 2007. The Black Sea Flood Question: Changes in Coastline, Climate and Human Settlement. SpringerISBN 1-4020-4774-6.
Chepalyga A.L. The late glacial Great Flood in the Ponto-Caspian basin. In: The Black Sea Flood question: changes in coastline, climate and human settlement. Springer. 2006. pp. 119–148 [1](enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
Yanko-Hombach, Valentina (8 de diciembre de 2006), Allan S. Gilbert, Nicolae Panin and Pavel M. Dolukhanov, ed., The Black Sea Flood Question, Springer, p. 999, ISBN978-1-4020-4774-9.