És filla dels actors argentins Cristina Rota, professora d'interpretació i de Diego Fernando Botto, qui va desaparèixer el 21 de març de 1977 durant la campanya de terror de la dictadura argentina de Videla, passant a engrossir la llista de desapareguts, i també va acabar morint al costat del seu amic Beto Gianola l'abril de 1981. La parella va tenir un altre fill l'any 1975, el també actor Juan Diego Botto.[1][2]
Quan tenia 3 anys, l'any 1978, la seva mare embarassada va haver d'abandonar el país i traslladar-se a Espanya on va donar a llum a la seva filla, la també actriu, Nur Levi. La família fixa la seva residència permanent a Espanya, on des de llavors Botto es criarà i hi residirà.[3]
La seva mare funda a Madrid una escola d'interpretació, germen del posterior Centro de Nuevos Creadores, amb seu a la Sala Mirador, per on han passat alguns dels millors actors i actrius espanyols. Créixer en aquest ambient artístic la va fer iniciar-se molt jove en la carrera com a actriu.
María Botto als Premis Goya 2018
En cinema, ha rodat a les ordres de directors com Vicente Aranda, Montxo Armendáriz o Kevin Reynolds Un dels seus papers més celebrats ha estat l'interpretat a Soldados de Salamina, de David Trueba, el 2003. El 2009 dona el salt internacional amb la pel·lícula La meva vida en ruïnes de Donald Petrie al costat de Richard Dreyfuss yi que li obrirà les portes dels seus futurs treballs tant a Anglaterra com als Estats Units. En els últims anys ha compaginat produccions tant nacionals com internacionals, entre les quals podem destacar, “Risen” al costat de Joseph Fiennes dirigida per Kevin Reynolds, la producció anglesa Mad Dogs al costat de John Simm i Philllip Glennister, on va ser la unica actriu al costat de Ben Chaplin que va repetir personatge en el seu
remake estatunidenc “Mad Dogs”, ha participat també en la sèrie per a TNT ”Good Behavior” amb Michelle Dockery, a Espanya a Cuerpo de Elite dirigida per Joaquin Mazón o un dels seus últims treballs a la sèrie “Cuentame”.
